一次发放两年工资的做法通常是不合法的，以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。这意味着，用人单位应当按照劳动者实际提供劳动的时间，按月计算并支付工资，而不是一次性支付较长时间段（如两年）的工资。这种按月支付工资的规定，旨在保障劳动者的基本生活需求，确保劳动者能够及时获得与其劳动相对应的报酬。
实际操作与风险角度
税务风险：一次性支付两年工资可能涉及税务问题。根据税法规定，工资薪金所得应当按照月度计算并缴纳个人所得税。如果一次性支付两年工资，可能会导致个人所得税的计算和缴纳变得复杂，甚至可能引发税务风险。
劳动关系稳定性风险：一次性支付较长时间段的工资，可能会让劳动者对劳动关系的稳定性产生疑虑。在劳动关系中，工资的支付是双方履行义务的重要体现。如果用人单位一次性支付大量工资，可能会让劳动者担心用人单位的经营状况或未来支付能力，从而影响劳动关系的和谐稳定。
劳动者权益保护风险：如果用人单位一次性支付两年工资后，出现经营困难或破产等情况，劳动者的工资权益可能难以得到保障。因为一次性支付的工资已经提前消耗了用人单位的资金，当用人单位出现财务问题时，劳动者可能难以追回未支付的工资或相关权益。
特殊情况与例外
虽然一次性支付两年工资通常是不合法的，但在某些特殊情况下，如用人单位与劳动者协商一致，并签订书面协议明确支付方式、支付时间等条款，且该协议不违反法律法规的强制性规定时，可能存在一定的灵活性。然而，这种情况非常罕见，且需要严格的法律程序和条件限制。
建议：
如果你有具体的劳动纠纷问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会为你提供详细、专业的解答。