结论前置：公司中途才说离职员工补贴扣除的情况，是否合法及员工应如何应对，需根据具体情况分析。一般来说，若公司扣除补贴的行为违反了劳动合同、公司规章制度或相关法律法规，员工有权要求公司补发补贴或采取其他法律措施。
一、法律分析角度
劳动合同与规章制度：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确规定了离职补贴的发放条件、标准及方式，且公司未按照约定执行，则公司扣除补贴的行为可能构成违约。
- 同时，公司规章制度也是规范员工行为、保障员工权益的重要依据。若公司规章制度中规定了离职补贴的相关内容，且该规章制度经过民主程序制定、公示并告知员工，则员工应遵守。但若公司规章制度违反法律法规或劳动合同约定，员工有权拒绝执行。
法律法规依据：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者享有获得劳动报酬的权利。离职补贴作为劳动者在离职时可能获得的一种经济补偿，其发放应遵循公平、合理、合法的原则。若公司无正当理由扣除离职补贴，可能侵犯了劳动者的合法权益。
二、应对措施角度
与公司协商：
- 员工在发现公司扣除离职补贴后，首先可以尝试与公司进行协商，了解扣除补贴的具体原因，并要求公司出示相关依据。若公司能够提供合理合法的依据，员工可以与公司就补贴发放问题进行进一步沟通；若公司无法提供合理依据或拒绝沟通，员工可以考虑采取其他法律措施。
向劳动监察部门投诉：
- 若公司扣除离职补贴的行为违反了相关法律法规或劳动合同约定，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门将依法对公司的违法行为进行调查处理，并要求公司补发扣除的补贴。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若员工与公司无法就离职补贴问题达成一致意见，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对争议进行裁决，并要求公司履行相应的义务。若员工对劳动仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
三、注意事项角度
保留证据：
- 员工在应对公司扣除离职补贴的问题时，应注意保留相关证据，如劳动合同、公司规章制度、工资条、离职证明等。这些证据将有助于员工在协商、投诉、仲裁或诉讼过程中证明自己的权益。
及时行动：
- 员工在发现公司扣除离职补贴后，应及时采取行动，避免超过法律规定的时效期限。根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
四、具体案例参考（假设性）
- 假设员工小张与公司签订的劳动合同中明确规定了离职补贴的发放条件为工作满一年且离职时无违纪行为。小张在公司工作满一年后离职，且离职时无违纪行为，但公司却以“公司经营困难”为由扣除小张的离职补贴。在此情况下，小张可以依据劳动合同约定，要求公司补发扣除的补贴。若公司拒绝补发，小张可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结与建议：公司中途扣除离职员工补贴的行为是否合法，需根据劳动合同、公司规章制度及相关法律法规进行综合判断。员工在发现公司扣除补贴后，应首先与公司协商，了解扣除原因并要求出示依据；若协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；必要时，还可以提起诉讼以维护自己的合法权益。在处理此类问题时，员工应注意保留相关证据并及时行动。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。