针对您提出的“员工离职公司要扣款怎么办”的问题，这是一个涉及劳动者权益的重要事项，我将为您详细解答处理步骤和注意事项。

一、明确扣款是否合法

首先，您需要确认公司扣款是否合法。根据《劳动法》及相关规定，公司无故克扣员工工资是违法的。如果公司没有合理的扣款依据，如违反公司规章制度造成的损失、未提前通知离职的违约金（需符合法律规定且合同中有明确约定）等，那么公司的扣款行为就是不合法的。

二、与公司沟通协商

在确认公司扣款不合法后，您应先与公司进行沟通协商。要求公司说明扣款的合理依据，并返还克扣的款项。在沟通过程中，保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，争取通过协商解决问题。

三、收集证据

如果沟通无果，您需要开始收集相关证据，以备后续维权之需。证据可以包括：

1. 劳动合同：证明您与公司之间的劳动关系。
2. 工资条：证明您的工资数额和发放情况。
3. 考勤记录：证明您的工作时间和出勤情况。
4. 辞职申请或离职证明：证明您的离职时间和原因。
5. 公司扣款通知或相关证据：证明公司扣款的事实和金额。

四、向劳动监察部门投诉

如果公司拒绝返还克扣的款项，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令其改正违法行为，包括返还克扣的工资。在投诉时，您需要提交上述收集的证据，并详细说明情况。

五、申请劳动仲裁

如果劳动监察部门的处理结果不能满足您的需求，或者公司拒绝执行劳动监察部门的决定，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，您需要提交证据，并陈述您的主张。仲裁委员会将根据事实和法律作出裁决，如果公司败诉，需要支付克扣的工资及可能产生的赔偿金等。

六、向法院提起诉讼

如果您对仲裁结果不服，还可以在规定期限内向法院提起诉讼。通过司法途径维护自己的合法权益。在诉讼过程中，您需要提交证据，并接受法院的审理和判决。

七、注意事项

1. 保持冷静和理性：在处理此类问题时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化行为，以免影响问题的解决。
2. 及时行动：一旦发现公司扣款不合法，应及时采取行动，以免错过维权时机。
3. 保留证据：在整个过程中，务必保留好相关证据，以备后续维权之需。

总之，面对公司离职扣款的问题，您应首先确认扣款的合法性，然后与公司沟通协商，收集证据，向劳动监察部门投诉，申请劳动仲裁，必要时向法院提起诉讼。希望这些建议能对您有所帮助。