针对您提出的“员工双方沟通好补贴后离职要怎么处理”的问题，这主要涉及到员工离职时的经济补偿以及社保补贴的相关事宜。以下是我为您提供的详细解答：
一、关于离职时的经济补偿
法定情形：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果员工因用人单位未依法缴纳社会保险费等原因解除劳动合同，用人单位应当向员工支付经济补偿。这是对拒绝为劳动者缴纳社保的用人单位具有惩罚性质、对劳动者具有补偿性质的规定。
特殊情况：
- 如果员工和用人单位之间已经就社保补贴达成协议，即用人单位以工资形式发放社保补贴，员工自行缴纳社会保险费，并且这种协议是双方自愿、平等、协商一致的结果，那么在这种情况下，员工解除劳动合同时，通常不能要求用人单位支付经济补偿。因为此时用人单位并非拒绝为劳动者缴纳社保，而是按照双方协议以另一种形式进行了补偿。
二、关于社保补贴的处理
协议的有效性：
- 尽管员工和用人单位之间可以就社保补贴达成协议，但这种协议的效力可能存在一定的争议。因为根据我国《劳动法》《社会保险法》等相关法律的规定，参加社会保险并缴纳保险费是职工的法定权利，也是用人单位的法定义务。因此，双方不能通过协议来免除这一法定义务。
实际操作建议：
- 如果员工和用人单位确实希望以社保补贴的形式进行补偿，建议双方在协议中明确约定补贴的金额、发放方式、自行缴纳社保的责任等条款，并确保协议内容合法、合规。
- 同时，用人单位应当保留好相关证据，如员工自愿放弃社保的承诺书、社保补贴的发放记录等，以备在发生纠纷时进行举证。
风险提示：
- 需要注意的是，如果用人单位未依法为员工缴纳社会保险费，即使双方已经就社保补贴达成协议，员工仍然有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位补缴社会保险费。
- 此外，如果员工在离职后发现用人单位未依法缴纳社会保险费，也有权在法定期限内要求用人单位支付经济补偿或补缴社会保险费。
三、离职处理流程建议
沟通确认：
- 在员工提出离职时，用人单位应当与员工进行充分沟通，确认离职原因、离职时间以及社保补贴等相关事宜。
办理离职手续：
- 用人单位应当按照公司规定和法律法规的要求，为员工办理离职手续，包括结算工资、办理社保转移等。
保留证据：
- 用人单位应当保留好与员工离职相关的所有证据，如离职申请书、离职协议、工资结算单等，以备在发生纠纷时进行举证。
综上所述，员工双方沟通好补贴后离职的处理需要综合考虑法律法规的要求和双方协议的内容。用人单位应当确保协议内容合法、合规，并保留好相关证据以备不时之需。同时，用人单位也应当依法为员工缴纳社会保险费，以维护员工的合法权益和公司的良好形象。