编外违纪立案后，仅扣发绩效奖金并不一定意味着已经接受了完整的惩罚，具体是否算作惩罚的完成需结合单位规章制度、违纪性质及后续处理措施综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从单位规章制度的角度
   单位通常会在内部规章制度中明确违纪行为的分类及对应的处罚措施。若规章制度中明确规定“违纪立案后仅扣发绩效奖金即视为处罚完成”，则此时扣发绩效奖金可视为对违纪行为的完整处理。但若规章制度中规定“违纪立案后需根据情节轻重采取多种处罚措施（如警告、记过、降级、解除合同等），扣发绩效奖金仅为其中一项”，则仅扣发绩效奖金并不意味着处罚结束，单位可能还需采取其他措施。

2. 从违纪性质的角度
   违纪行为的性质直接影响处罚的轻重。若违纪行为情节轻微（如迟到早退、工作疏忽等），单位可能仅通过扣发绩效奖金予以警示；但若违纪行为情节严重（如贪污受贿、泄露机密等），单位可能需依据法律法规或内部规定，采取更严厉的处罚措施（如解除劳动合同、移送司法机关等）。此时，扣发绩效奖金仅是处罚的一部分，而非全部。

3. 从后续处理措施的角度
   即使单位已扣发绩效奖金，仍需关注后续是否还有其他处理措施。例如，单位可能要求违纪员工参加培训、写检讨书、接受内部调查等。若单位未明确表示处罚结束，且存在其他潜在处理措施，则扣发绩效奖金不能视为处罚的完成。

建议：

• 若您对单位的处罚措施有疑问，可首先查阅单位内部规章制度，了解违纪行为的分类及对应处罚；
  
• 若规章制度未明确或您认为处罚不当，可与单位人力资源部门或工会沟通，要求解释处罚依据及后续处理计划；
  
• 若沟通无果或您认为权益受到侵害，可依据《劳动争议调解仲裁法》等法律法规，通过劳动仲裁或诉讼途径维护自身权益。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供更详细的法律建议。