事业单位人员被纪委立案后绩效工资被扣，是否补发需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
一、纪委立案与绩效工资扣发的关系
纪委立案本身并不直接决定绩效工资的扣发与否，但立案往往意味着相关人员可能存在违纪行为。绩效工资的扣发通常与违纪行为的性质、严重程度以及单位的相关规章制度有关。如果违纪行为被查实，且单位规章制度中明确规定了此类行为将导致绩效工资的扣发，那么扣发绩效工资就是合理的。
二、绩效工资补发的可能性
违纪行为不成立或情节轻微：
- 如果纪委立案后，经过调查发现违纪行为不成立，或者情节轻微，不足以构成扣发绩效工资的理由，那么被扣发的绩效工资应当予以补发。
- 在这种情况下，你可以向单位提出申诉，要求补发绩效工资，并可以提供相关证据来支持你的主张。
违纪行为成立但已接受处罚：
- 如果违纪行为成立，但你已经接受了相应的纪律处分（如警告、记过等），且单位规章制度中未明确规定此类处分将导致绩效工资的永久扣发，那么在处分期限结束后，你仍有权要求补发被扣发的绩效工资。
- 你可以与单位进行协商，或者依据单位规章制度中的相关规定，提出补发绩效工资的请求。
单位规章制度明确规定：
- 如果单位规章制度中明确规定了因违纪行为被立案调查期间将扣发绩效工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么扣发绩效工资就是合法的。
- 在这种情况下，即使违纪行为最终不成立或情节轻微，单位也可能根据规章制度的规定不予补发绩效工资。但你可以尝试与单位协商，看是否能够达成补发的协议。
三、法律建议
了解单位规章制度：
- 首先，你需要仔细阅读并了解单位的规章制度，特别是关于绩效工资扣发和补发的相关规定。这将有助于你明确自己的权利和义务。
保留相关证据：
- 在纪委立案调查期间，你需要保留好所有与案件相关的证据，包括但不限于调查通知、询问笔录、证人证言等。这些证据将有助于你在后续申诉或协商中证明自己的清白或减轻责任。
积极沟通协商：
- 如果认为绩效工资被扣发不合理，你可以积极与单位进行沟通协商，表达自己的诉求和理由。在协商过程中，你可以引用单位规章制度中的相关规定来支持自己的主张。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，你可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（比如我），了解自己的法律权益和可行的维权途径。在必要时，你可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。