在纪委有案在查期间，是否扣绩效工资并不能一概而论，这主要取决于具体的案件情况、单位规定以及相关法律法规的适用。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 单位规章制度的角度：

   • 许多单位都有明确的规章制度，规定了员工在何种情况下会受到绩效工资的扣减。这些规定可能涉及工作表现、纪律遵守、违法违纪行为等多个方面。
   • 如果纪委正在调查的案件与员工的工作表现或纪律问题直接相关，且单位规章制度中明确规定了此类情况下可以扣减绩效工资，那么单位可能会根据规定进行扣减。

2. 法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。绩效工资作为劳动报酬的一部分，也应当受到保护。
   • 然而，这些法律并未直接规定纪委调查期间是否可以扣减绩效工资。因此，是否扣减绩效工资更多地取决于单位内部的规章制度和劳动合同的具体约定。
   • 如果纪委的调查并未导致员工被依法追究刑事责任或受到行政处罚，且单位规章制度中未明确规定此类情况下可以扣减绩效工资，那么单位扣减绩效工资的行为可能缺乏法律依据。

3. 纪委调查的性质与影响：

   • 纪委的调查通常涉及党员或公职人员的违纪违法行为。如果调查结果并未证实员工存在违纪违法行为，或者调查结果并未对员工的工作表现产生直接影响，那么单位扣减绩效工资的行为可能缺乏合理性。
   • 另一方面，如果调查结果证实员工存在严重的违纪违法行为，且该行为对单位造成了重大损失或不良影响，那么单位可能会根据内部规章制度和劳动合同的约定，对员工进行相应的处罚，包括扣减绩效工资。

建议与注意事项：

• 如果你作为员工面临此类情况，首先应当仔细查阅单位规章制度和劳动合同中关于绩效工资扣减的相关规定。
• 如果认为单位扣减绩效工资的行为缺乏依据或不合理，可以与单位进行沟通协商，寻求解决方案。
• 如果沟通协商无果，你可以考虑向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，纪委有案在查期间是否扣绩效工资，需结合单位规章制度、劳动合同约定以及纪委调查的具体情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。