事业单位干部被边缘化且不在岗，这一行为是否合法，需分情况讨论：
若干部因正当理由不在岗：
- 合法性分析：如果干部因病假、事假、产假、工伤假等法定或单位认可的正当理由暂时不在岗，且已按照单位规定履行了请假手续，那么这种不在岗状态是合法的。单位不应因此对其进行边缘化处理，否则可能构成对干部合法权益的侵犯。
- 法律建议：干部应保留好请假的相关证据，如请假条、医院证明等，以备不时之需。若单位因此进行不公正对待，干部可依法维权。
若干部无正当理由长期不在岗：
- 合法性分析：如果干部无正当理由长期不在岗，且未履行请假手续或未经单位批准，那么这种行为可能违反了单位的规章制度或劳动纪律。单位有权根据规章制度对其进行处理，包括警告、记过、降级、撤职等，甚至解除劳动合同（对于聘用制干部）或辞退（对于非聘用制干部，但需符合法定条件）。然而，边缘化处理（如不安排工作、不给予晋升机会等）并非法定的处理方式，且可能引发劳动争议。
- 法律后果：若单位因此解除劳动合同或辞退干部，需确保程序合法、依据充分，否则可能构成违法解除，干部有权要求单位继续履行合同或支付赔偿金。同时，边缘化处理可能构成对干部名誉权、工作权等权益的侵犯，干部可依法提起诉讼或申请劳动仲裁。
- 法律建议：对于无正当理由长期不在岗的干部，单位应首先通过沟通、教育等方式促使其返岗工作。若无效，再依据规章制度进行处理，并确保处理程序合法、依据充分。干部则应认识到自己的行为可能带来的法律后果，及时返岗或与单位协商解决。
边缘化处理本身的合法性：
- 合法性分析：边缘化处理并非一种明确的法律术语或法定的处理方式。它可能表现为不安排工作、不给予晋升机会、降低薪酬待遇等多种形式。这些行为是否合法，取决于它们是否违反了法律法规、单位规章制度或劳动合同的约定。如果边缘化处理缺乏合法依据，且对干部的合法权益造成了损害，那么这种行为就是违法的。
- 法律建议：单位应避免采取边缘化处理等可能引发劳动争议的方式对待干部。若确实需要对干部进行调整或处理，应依据法律法规、单位规章制度或劳动合同的约定进行，并确保程序合法、依据充分。干部则应密切关注自己的工作待遇和职业发展情况，若发现被边缘化处理且缺乏合法依据，可依法维权。
总结与提醒：事业单位干部被边缘化且不在岗是否合法，需根据具体情况进行判断。干部应了解自己的权益和义务，遵守单位规章制度和劳动纪律；单位则应依法管理、公正对待干部。若遇到相关问题或争议，建议及时咨询专业律师（即我本人，陶从喜律师，专注于交通事故、劳动纠纷、离婚、民间借贷领域），以便更好地维护自己的合法权益。