招标代理合同约定招标费用由中标单位支付，其合法性并非绝对，而是需根据具体情况及合同约定来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、招标代理费的性质与常规承担方式
招标代理费是招标代理机构因提供招标服务而收取的报酬，通常应列入项目总体预算，并作为项目管理费用的一部分。在大多数情况下，根据行业惯例和法律法规，招标代理费应由招标人（即业主或发包方）承担，因为招标人是招标活动的发起者和受益者。
二、特定情况下的合法性分析
招标文件与合同约定：
- 如果招标文件中有明确规定或合同中有相应条款约定招标代理费由中标单位支付，并且这一约定清晰、无歧义，不违反法律法规的强制性规定，那么这样的做法是合法的。
- 约定必须明确写在招标文件中，以便潜在投标人在参与投标时能清楚知晓费用承担事项。同时，相关约定不能存在不合理的歧视性或排他性条款，以确保招投标活动的公平、公正和公开。
双方共识与未中标单位权益：
- 招标人与中标单位需在招标文件和合同中达成明确的共识，确保该约定不会损害其他未中标单位的合法权益。如果约定导致未中标单位处于不公平的地位，或者违反了招投标活动的公开、公平、公正原则，那么这样的约定可能会被视为无效。
三、法律合规性要求
- 尽管招标代理费的承担方式可以通过约定来确定，但该约定必须严格遵守相关法律法规的强制性规定。约定的收费标准不得明显过高，超出市场合理范围，也不得存在不正当竞争、欺诈等违法情形。
- 《中华人民共和国招标投标法》等法律法规明确要求招标投标活动应遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。因此，如果关于招标代理费的约定损害了国家利益、社会公共利益或其他投标人的合法权益，或者破坏了招标的公正性和透明度，这种约定将面临法律上的挑战，并可能被视为无效。
四、风险与建议
风险：
- 若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。例如，中标单位可能拒绝支付费用，或者招标人可能因费用问题而与中标单位产生法律纠纷。
建议：
- 在招标前，招标人应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述，以避免后续产生不必要的纠纷。同时，招标人应确保招标文件中的约定符合相关法律法规的要求，不违反公开、公平、公正和诚实信用的原则。
- 中标单位在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出并与招标人沟通。如果中标单位认为招标文件中的约定不合理或存在违法情形，可以考虑放弃投标或寻求法律救济。
- 如遇纠纷，各方应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。在解决纠纷的过程中，各方应提供充分的证据来支持自己的主张，并遵循法律程序和规定。
总结来看，招标代理合同约定招标费用由中标单位支付并非绝对合法或非法，其合法性取决于招标文件、合同条款以及相关法律法规的具体规定。在实际操作中，建议各方遵循法律法规和行业惯例，确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性，以维护招投标活动的公平、公正和顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。