结论：政府投资项目中的招标代理费在合同中约定由施工单位支付是否合规，不能一概而论，需结合具体法律法规、合同约定以及项目实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：
- 招标代理费通常应由招标人（即政府投资项目的建设单位）支付，因为招标代理服务是招标人委托招标代理机构进行的，其费用理应由委托方承担。
- 若法律法规或相关政策明确规定招标代理费应由招标人支付，而合同中却约定由施工单位支付，则该约定可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
地方性法规或政策：
- 不同地区可能对招标代理费的支付有具体规定，需查阅当地的相关法规或政策以确定是否合规。
- 若地方性法规或政策明确禁止或限制将招标代理费转嫁给施工单位，则合同中的相关约定可能不合规。
二、合同约定层面
合同自由原则：
- 在不违反法律法规强制性规定的前提下，合同双方有权自由约定合同条款，包括招标代理费的支付方式。
- 若合同中明确约定招标代理费由施工单位支付，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则该约定在合同双方之间具有法律效力。
合同公平性：
- 合同约定应体现公平原则，避免将不合理或过重的负担转嫁给一方。
- 若招标代理费转嫁给施工单位导致合同显失公平，施工单位有权请求法院或仲裁机构变更或撤销该约定。
三、项目实际情况层面
项目性质与资金来源：
- 政府投资项目通常涉及公共利益，其资金来源为财政资金，应严格遵守相关法律法规和政策规定。
- 若将招标代理费转嫁给施工单位，可能涉及违规使用财政资金或增加施工单位负担，需谨慎评估。
施工单位承受能力：
- 施工单位作为合同一方，其承受能力也是考虑因素之一。
- 若招标代理费过高，超出施工单位的合理承受范围，可能影响合同的履行和项目的顺利进行。
四、建议与风险提示
审查合同条款：
- 在签订合同前，应仔细审查合同条款，特别是关于招标代理费支付的约定。
- 确保合同条款不违反法律法规的强制性规定，并体现公平原则。
咨询专业意见：
- 若对合同条款的合规性存在疑问，建议咨询专业律师或相关机构以获取专业意见。
- 专业意见有助于降低法律风险，确保合同的合法性和有效性。
关注后续履行：
- 在合同履行过程中，应关注招标代理费的支付情况，确保按约定履行。
- 若出现争议或纠纷，应及时采取措施维护自身合法权益。
总结：政府投资项目中的招标代理费在合同中约定由施工单位支付是否合规，需结合具体法律法规、合同约定以及项目实际情况综合判断。在签订合同前，应仔细审查合同条款并咨询专业意见，以降低法律风险并确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。