结论：代理费由中标单位代为支付，招标人根据工程进度款同比例返还这一做法，其合规性需结合具体合同条款、相关法律法规以及行业惯例来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的合法性
合同自由原则：在民事法律关系中，合同双方享有合同自由，即有权自主约定合同的内容，包括代理费的支付方式和返还条件。因此，如果招标文件和中标合同中明确约定了代理费由中标单位代为支付，且招标人根据工程进度款同比例返还，这一约定本身并不违反法律法规的强制性规定，是合法的。
合同条款的明确性：合同条款应当明确、具体，避免产生歧义。如果合同中关于代理费支付和返还的条款表述不清，可能导致双方在执行过程中产生争议。因此，在签订合同时，双方应确保合同条款的明确性和可操作性。
二、相关法律法规的考量
招投标法：在招投标过程中，应遵守《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规。这些法律法规主要规范招投标活动的程序、要求以及各方当事人的权利和义务。如果代理费的支付和返还方式违反了招投标法的相关规定，如存在不正当竞争、损害国家利益或社会公共利益等情形，则可能被视为违法。
合同法：代理费的支付和返还也涉及《中华人民共和国民法典》中合同编的相关规定。合同双方应遵循诚实信用原则，履行各自的义务。如果一方未按照合同约定履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。
三、行业惯例和公平性
行业惯例：在建设工程领域，代理费的支付和返还方式可能存在一定的行业惯例。如果双方约定的方式符合行业惯例，且未违反法律法规的强制性规定，则通常被认为是合理的。
公平性：合同条款的约定应体现公平性原则。如果代理费的支付和返还方式对一方明显不利，可能导致合同显失公平。在这种情况下，受损方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销合同。
四、实际操作中的建议
明确合同条款：在签订合同时，双方应明确代理费的支付方式和返还条件，包括支付时间、支付比例、返还时间、返还比例等具体内容。
遵守法律法规：双方应确保合同条款的约定符合相关法律法规的规定，避免产生法律风险。
保留相关证据：在执行合同过程中，双方应保留好与代理费支付和返还相关的证据，如支付凭证、返还记录等，以备不时之需。
进一步思考：如果双方在执行合同过程中产生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成的，可以依据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；没有仲裁协议或仲裁协议无效的，可以向人民法院提起诉讼。在处理争议时，双方应充分尊重合同条款的约定和相关法律法规的规定，以维护自身的合法权益。
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