中标单位支付招标代理费是否合理，需根据具体情况及合同约定来判断，但总体上，在合法合规且明确约定的前提下，这种支付方式是被允许的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国招标投标法》：
- 该法确立了招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则，虽然未直接规定招标代理费由谁支付，但为招标代理服务费用的支付安排提供了法律框架。在符合法律规定和市场规则的前提下，招标人和中标人可以通过约定来确定支付方式。
《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续修改文件：
- 最初规定招标代理服务费用应由招标人支付，但后续文件修改为“招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。”这一修改明确为招标代理费由中标人支付提供了政策依据。
《政府采购代理机构管理暂行办法》：
- 规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。若由中标、成交供应商支付，则供应商报价应当包含代理费用，这进一步确认了中标人支付招标代理费的合法性。
《民法典》相关规定（原《合同法》第65条已纳入《民法典》）：
- 规定了“第三人代为履行制度”，即当事人可以约定由第三人向债权人履行债务。这为招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付提供了法律依据。
二、招标合同约定
招标文件规定：
- 招标人在编制招标文件时，应明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。如果规定由中标人支付，那么中标人在参与投标时就应知晓并接受这一条件。一旦中标，中标人有义务按照招标文件的规定支付招标代理费。
委托代理合同约定：
- 招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，可能会约定由中标人支付招标代理费。这种约定是双方真实意思的表示，只要不违反法律法规的强制性规定，对各方当事人都具有约束力。
三、实际操作中的注意事项
明确约定：
- 无论采用哪种支付方式，都应在招标文件、委托代理合同等相关文件中明确约定，以避免后续产生纠纷。约定必须清晰明确，无歧义，且不违反法律法规的强制性规定。
遵循法律法规：
- 在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和招标文件的具体规定，确保招标代理费用的支付符合法律要求。例如，不得在发出中标通知书前要求支付招标代理费，这违反了相关法律法规的规定。
合理性与公平性：
- 招标代理费的支付方式应合理且公平，不得存在不合理的歧视性或排他性条款。同时，应确保该约定不会损害其他未中标单位的合法权益。
四、可能的风险与后果
纠纷风险：
- 如果招标代理费的支付方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。例如，中标人可能拒绝支付招标代理费，导致招标人与中标人之间产生法律纠纷。
法律后果：
- 如果招标代理费的支付方式违反了相关法律法规的强制性规定，可能面临行政处罚或法律诉讼等后果。例如，如果招标人在发出中标通知书前要求支付招标代理费，可能被视为违法行为，受到相关部门的处罚。
建议：
- 在招标前，招标人应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述，以避免后续产生不必要的纠纷。
- 中标单位在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出质疑或向我咨询。
- 如遇纠纷，各方应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
综上所述，中标单位支付招标代理费在合法合规且明确约定的前提下是被允许的。在实际操作中，应确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性，以维护招投标活动的公平、公正和顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。