招标代理费由中标单位支付，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规基础
《中华人民共和国招标投标法》：该法第十二条规定，招标人有权自行选择招标代理机构，委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，招标代理机构应依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。虽然该法并未直接规定招标代理费的支付主体，但为招标代理服务费的收取提供了基本法律依据，强调了合法、公平和透明原则。
政策调整与市场调节：相关政策文件，如《关于放开部分服务价格意见的通知》及后续文件，逐步放开了招标代理服务收费标准，由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人收取服务费的合法性，只要这种收取是在合法、公平、透明的基础上进行的。
二、支付主体的约定与合法性
常规做法：在大多数情况下，招标代理服务费由招标人支付，因为招标人是招标活动的发起者和受益者。然而，这并非绝对，支付主体可以通过约定进行变更。
特别约定：若招标人、招标代理机构与投标人在招标文件中有特别约定，并达成一致意见，招标代理服务费可以由中标人支付。这种约定必须在招标文件中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。例如，招标文件可以规定，中标人在中标后需承担招标代理服务费，该费用应被视为已包含在中标人的投标报价中。
三、实际操作中的注意事项
明确约定：无论采用哪种支付方式，都应在招标文件、委托代理合同等相关文件中明确约定，以避免后续产生纠纷。约定应清晰、无歧义，并符合法律法规的强制性规定。
遵循法律法规：在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和招标文件的具体规定，确保招标代理费用的支付符合法律要求。例如，不得存在不合理的歧视性或排他性条款，以确保招投标活动的公平、公正和公开。
风险防范：若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。因此，建议招标人在招标前明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述；中标单位在参与投标时，也应仔细审查招标文件中的相关条款。
四、具体案例与建议
假设在一个建设工程招标项目中，招标文件明确规定招标代理服务费由中标人支付，且该费用已包含在投标报价中。中标单位在投标时已充分了解并接受这一条件，并在中标后按照约定支付了招标代理服务费。这种情况下，招标代理费由中标单位支付是合法的。
建议：
综上所述，招标代理费由中标单位支付在符合法律法规且事先明确约定的情况下是合法的。在实际操作中，建议各方遵循法律法规和行业惯例，确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。