招标代理费用由中标人支付是否合法，需根据具体情况及合同约定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 在招标过程中，招标人与招标代理机构之间会签订招标代理合同，明确双方的权利义务，包括代理费用的支付方式和支付主体。如果合同中明确约定招标代理费用由中标人支付，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是合法的，中标人应当按照合同约定支付代理费用。

2. 法律法规的考量：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标代理服务费通常应由招标人支付，这是基于招标代理服务是招标人委托代理机构进行的一项专业服务，其费用理应由委托人（即招标人）承担。然而，法律并未绝对禁止招标人与代理机构约定由中标人支付代理费用，只要这种约定不违反公平、自愿原则，且不损害其他投标人的利益，通常是被允许的。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 如果招标文件中明确规定了代理费用由中标人支付，且所有投标人在投标时均已知悉并同意这一条款，那么中标人支付代理费用是合理的。但需要注意的是，这种约定应当公平合理，不得设置不合理的条件或费用标准，以免损害中标人的合法权益。
   • 如果招标文件中未明确约定代理费用的支付主体，而在中标后招标人要求中标人支付代理费用，这种做法可能缺乏法律依据，中标人有权拒绝支付。

4. 潜在的法律风险：

   • 如果招标人与代理机构之间的约定违反了法律法规的强制性规定，或者损害了其他投标人的利益，那么这种约定可能是无效的。在这种情况下，中标人支付代理费用可能面临法律风险，如被其他投标人起诉或面临行政处罚等。

建议：

• 对于招标人而言，在签订招标代理合同时，应明确代理费用的支付方式和支付主体，并在招标文件中予以明确说明，以避免后续纠纷。
• 对于中标人而言，在投标前应仔细阅读招标文件，了解代理费用的支付方式和支付主体，并在中标后按照合同约定履行支付义务。如果对代理费用的支付有异议，应及时与招标人沟通协商或寻求法律帮助。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。