结论：招标文件写明招标代理费由中标方支付，但最终招标人支付，这一做法的合法性需根据具体情况及合同约定来判断。若招标文件或合同中未明确禁止招标人支付，且双方达成一致，那么招标人支付招标代理费并不违法。
详细分析：
招标代理费的性质与常规承担方式：
- 招标代理费是招标代理机构因提供招标服务而收取的报酬，通常应列入项目总体预算，作为项目管理费用的一部分。
- 在大多数情况下，招标代理费由招标人承担，因为招标人是招标活动的发起者和受益者。然而，这并非绝对，具体承担方式可由招标人与投标人或中标人协商确定。
招标文件与合同约定的作用：
- 招标文件是招标活动的法律依据，其中明确规定了招标代理费的承担方式。如果招标文件中有明确规定招标代理费由中标方支付，那么原则上应由中标方承担。
- 然而，合同是双方意思自治的体现，如果招标人与中标方在合同中另行约定招标代理费由招标人支付，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的。
双方共识与未中标单位权益：
- 招标人与中标方需在招标文件和合同中达成明确的共识，关于招标代理费的承担方式。这种共识应基于平等、自愿、公平的原则，不得损害其他未中标单位的合法权益。
- 如果招标人最终决定由自己支付招标代理费，且这一决定未对其他未中标单位造成不公平影响，那么该做法是合法的。
风险与建议：
- 风险：若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。例如，中标方可能认为招标人违反了招标文件的规定，拒绝支付招标代理费，导致双方产生法律纠纷。
- 建议：
- 在招标前，招标人应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述，以避免后续产生不必要的纠纷。如果招标人决定最终由自己支付招标代理费，应及时与中标方沟通并达成一致意见，同时确保这一决定不违反招标文件的规定和法律法规的强制性规定。
- 中标方在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，特别是关于招标代理费承担方式的规定。如有疑虑或需要进一步了解的情况，应及时向招标人提出质疑或咨询专业律师。
法律依据：
- 《中华人民共和国招标投标法》第十二条：招标人有权自行选择招标代理机构，委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，而招标代理机构应依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。虽然该条款未直接规定招标代理费的承担方式，但为招标人与招标代理机构之间的委托关系提供了法律依据。
- 《关于放开部分服务价格意见的通知》（发改价格〔2014〕2755号）及后续相关文件：逐步放开了招标代理服务收费标准，由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人或招标人收取服务费的合法性。具体承担方式可由双方协商确定。
综上所述，招标文件写明招标代理费由中标方支付，但最终招标人支付，这一做法的合法性需根据具体情况及合同约定来判断。在实际操作中，建议各方遵循法律法规和行业惯例，确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。