针对您提出的“招标代理合同中代理费由中标人支付，但招标文件中由招标人支付”的情况，这实际上涉及到了招标代理费支付主体的约定问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律法规依据
首先，我们需要明确的是，招标代理费的支付主体并非由法律法规直接规定为招标人或中标人，而是可以在符合法律法规的前提下，由招标人、招标代理机构与投标人（或中标人）通过约定来确定。
《中华人民共和国招标投标法》：该法确立了招标投标活动应当遵循的原则，但并未直接规定招标代理费的支付主体。
《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续修改文件：最初规定招标代理服务费用应由招标人支付，但后续文件修改为允许招标人、招标代理机构与投标人另有约定。这为招标代理费由中标人支付提供了政策依据。
《政府采购代理机构管理暂行办法》：该办法规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付，进一步确认了中标人支付招标代理费的合法性。
二、合同与招标文件约定
招标文件规定：招标人在编制招标文件时，应明确招标代理费的支付方式。如果招标文件规定由招标人支付，但后续在招标代理合同中约定由中标人支付，这可能会引发争议。因此，招标文件与招标代理合同中的约定应保持一致。
招标代理合同约定：招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，如果约定了由中标人支付招标代理费，那么这种约定是双方真实意思的表示，只要不违反法律法规的强制性规定，对各方当事人都具有约束力。但关键在于，这种约定是否在招标文件中得到了明确体现，并让所有投标人知晓。
三、解决方案与建议
协商修改：如果招标文件与招标代理合同中的支付主体约定不一致，建议招标人与招标代理机构、中标人进行协商，修改相关条款，确保各方约定一致。
明确告知：在招标过程中，招标人应在招标文件中明确招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款，确保所有投标人在参与投标时都知晓并接受这一条件。
遵循公平合理原则：无论是由招标人还是中标人支付招标代理费，都应遵循公平、合理的原则，确保费用的透明度，避免乱收费现象的发生。
关注市场行情与相关规定：支付方应关注市场行情及当地相关部门对招标代理服务费的具体规定，以确保支付的合法性及合理性。
四、注意事项
履行期限：中标人支付的招标代理费履行期限应当在招标人与中标人签订书面合同后，确保合法合规。
收费标准：招标代理服务收费应实行市场调节价，双方应参考相关标准，并结合招标项目规模、工程等级、技术难易程度以及服务深度等确定代理服务费额度。
综上所述，招标代理费的支付主体可以根据法律法规的框架及实际情况进行灵活约定。但在实际操作中，各相关方应充分沟通并明确支付方式，以确保招标活动的顺利进行及各方权益的有效保障。如果招标文件与招标代理合同中的约定不一致，建议及时协商修改，以避免潜在的纠纷和风险。