关于招标代理费由中标人支付的规定，这一做法在实务中确实存在，并引发了一定的争论。以下是对此问题的详细解答：
一、由中标人支付的由来及法律关系
历史背景：
- 2002年10月15日，原国家计委发布的《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格〔2002〕1980号）第十条规定，招标代理服务实行“谁委托谁付费”，即由招标人支付代理费。
- 2003年9月15日，国家发展改革委办公厅发布《关于招标代理服务收费有关问题的通知》（发改办价格〔2003〕857号），将上述规定修改为“招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。”此后，很多招标文件开始约定“招标代理费由中标人支付”。
法律关系：
- 根据《民法典》第五百二十三条关于由第三人履行的合同规定，“当事人约定由第三人向债权人履行债务，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。”
- 在此情境下，招标人与招标代理机构作为委托合同的当事人，招标人为债务人，招标代理机构为债权人。招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付，属于“由第三人履行的合同”，不违反法律行政法规的强制规定，约定受法律保护。
二、由中标人支付的合理性及弊端
合理性：
- 从法律角度看，要求中标人支付招标代理费不违法，且符合合同法的相关规定。
- 实务中，这种支付方式是通过招标人与招标代理机构签订委托合同，并明确约定招标代理费由中标人支付来实现的。
弊端：
- 市场调节价机制未实现：自2015年2月11日国家发展改革委发布《关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知》（发改价格〔2015〕299号）后，招标代理服务费不再实行政府指导价，改为市场调节价。但由于招标人不承担费用，其立场更倾向于招标代理机构，导致招标代理费依然参照已废止的《办法》计算，未形成有效的市场价调解机制。
- 廉政风险：招标代理业务无资质要求，从业人员水平参差不齐，且招标文件近乎千篇一律，但招标代理费相对较高。这种情况下，招标代理机构为了承揽业务，可能采用非正当手段，存在很大的廉政风险。
- 招标人和招标代理机构将自身意志强加于潜在投标人：在国有投资项目中，招标人编制的招标控制价中不包含招标代理费，却要求投标人在投标报价时考虑招标代理费，这对投标人来说是不公平的。
三、建议
针对上述弊端，建议采取以下措施：
- 招标代理费施行谁委托谁付费：相关部门应出台制度，规定特别是国有投资项目实行谁委托谁付费制度，以减轻中标人的负担，进一步优化营商环境。
- 选择代理公司引入竞争机制：招标人应对招标代理公司进行比较选择，依据服务质量、收费标准、招标节资率、信用评价等条件综合考虑，择优选用。这有助于促使招标代理机构公平竞争，提高综合服务水平。
综上所述，招标代理费由中标人支付的做法虽然在一定程度上符合法律规定，但也存在诸多弊端。因此，建议相关部门和单位在实际操作中审慎考虑，并采取有效措施加以改进。