工程招标代理费原则上应由招标人支付，但具体承担方可能因合同约定或特殊情况而有所不同。以下是对这一问题的详细解析：

一、一般原则

1. 支付主体明确：

   • 根据《招标代理服务收费管理暂行办法》第十条以及国家发展改革委关于降低部分建设项目收费标准规范收费行为等有关问题的通知（发改价格〔2011〕534号）第五条的规定，工程招标代理费原则上应由招标人支付。这是法律法规对招标代理费支付主体的明确界定。

2. 合同自由原则：

   • 虽然法律规定了招标人为支付主体，但《中华人民共和国民法典》中关于合同自由和意思自治的原则同样适用。这意味着，如果招标人、招标代理机构与投标人之间就招标代理费的承担达成了其他约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定具有法律效力，各方应按照约定执行。

二、特殊情况下的费用承担

在实际操作中，可能存在一些特殊情况，使得招标代理费的承担方发生变化。例如：

• 三方约定：如果招标人、招标代理机构与投标人之间另有约定，且该约定合法有效，那么招标代理费的承担方可能并非招标人，而是中标人或其他相关方。
• 招标文件及合同约定：招标文件及合同中关于招标代理费的具体约定也是确定承担方的重要依据。如果文件中明确规定了费用的承担方和支付方式，那么应严格按照约定执行。

三、实践中的操作建议

为了确保招标代理费的顺利支付，避免不必要的纠纷，建议在实践中采取以下措施：

1. 明确约定：

   • 在招标文件、合同中明确约定招标代理费的承担方、支付方式及金额等关键信息，确保各方对费用承担有清晰的认知。

2. 依法履行：

   • 各方应严格遵守法律法规和合同约定，依法履行各自的义务。如果发生争议，应及时通过法律途径解决。

3. 合理定价：

   • 招标代理费的收费标准应遵循国家相关部门制定的收费标准或市场调节价，确保费用的合理性。同时，招标代理机构也应避免恶性竞争，以维护行业的健康发展。

四、法律依据

• 《招标代理服务收费管理暂行办法》第十条：招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。
• 《中华人民共和国民法典》中关于合同自由和意思自治的原则：允许合同各方在法律允许的范围内自由约定合同内容。

总结：工程招标代理费在一般情况下应由招标人承担，但具体承担方和支付方式可能因招标文件、合同中的约定以及特殊情况而有所不同。因此，在实践中，各方应明确各自的权利和义务，并依法履行合同约定的内容，以确保招标代理费的顺利支付和项目的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。