代理费由中标单位支付在一定条件下是合法的，这主要取决于是否存在明确的约定、是否遵循相关法律法规与公平原则，以及是否涉及不正当竞争。以下从多个角度进行详细分析：
一、合法性的判断依据
明确约定且不违反法规：
- 如果在招投标文件中明确规定了中标单位需支付代理费，并且这一规定没有违反法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的。
- 招标人与中标单位在招投标过程外，经过平等、自愿协商达成的代理费支付协议，同样具有法律效力，前提是不存在欺诈、胁迫等违法情形。
符合行业惯例与公平原则：
- 在某些特定行业中，由中标单位支付代理费已成为普遍惯例，且这种惯例不违背法律法规和公序良俗，那么这种做法是被视为合法的。
- 支付代理费时应遵循公平原则，确保费用与中标单位所获利益相匹配，避免显失公平的情况发生。
不涉及不正当竞争：
- 代理费的支付方式不应导致招投标过程中的不正当竞争。例如，代理机构不应因代理费而倾向推荐特定企业中标，从而破坏招投标的公平性和公正性。
二、支付主体的法律规定与实践
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标人有权选择招标代理机构并委托其办理招标事宜。虽然该法未明确规定代理费应由谁支付，但为招标代理服务费用的支付安排提供了法律框架，即应在符合法律规定和市场规则的前提下，由招标人和中标人通过约定来确定。
- 在实践中，若招标人、招标代理机构与投标人（潜在的中标单位）之间有合法有效的约定，且该约定不违反法律法规，中标单位也可以成为代理费的支付主体。
三、实践中的注意事项与合规要求
透明度与合规性：
- 整个招标过程应遵守法律法规，确保合法性和合规性。代理机构应在采购文件中明示代理费用收取方式及标准，并在中标结果中公开项目代理费用收费情况，以增加透明度。
避免违规约定：
- 采购文件中不得包含如“中标人不支付代理费将不退还投标保证金”或“中标人不支付代理费将不发放中标通知书”等不合规条款，这些条款可能损害中标单位的合法权益。
四、不合法的情况
- 违反法律法规强制性规定：如果相关法律法规明确规定代理费应由招标人支付，而实际约定由中标单位支付，且没有合法有效的理由或约定，则此约定可能无效。
- 存在恶意串通等违法行为：招标人与招标代理机构若恶意串通，通过设定高额代理费并要求中标单位支付以排除其他投标人竞争，这种行为是违法的，并可能受到法律的制裁。
建议：在实际操作中，招标人和中标单位应确保代理费的支付约定合法合规，并遵循公平、透明和自愿的原则。如果双方对代理费的支付存在争议或疑问，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和帮助。
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