招标代理费由中标单位支付并非绝对合法或非法，其合法性取决于招标文件、合同条款以及相关法律法规的具体规定。以下是对此问题的详细分析：
一、招标代理费的性质与常规承担方式
招标代理费是招标代理机构因提供招标服务而收取的报酬，它通常应列入项目总体预算，并作为项目管理费用的一部分。在大多数情况下，根据行业惯例和法律法规，招标代理费应由招标人（即业主或发包方）承担，因为招标人是招标活动的发起者和受益者。
二、特定情况下的合法性分析
招标文件与合同约定：
- 如果招标文件中有明确规定或合同中有相应条款约定招标代理费由中标单位支付，并且这一约定清晰、无歧义，不违反法律法规的强制性规定，那么这样的做法是合法的。
- 明确性要求：约定必须清晰明确地写在招标文件中，以便潜在投标人在参与投标时能清楚知晓费用承担事项。
- 合法性要求：相关约定不能存在不合理的歧视性或排他性条款，以确保招投标活动的公平、公正和公开。例如，不能仅因中标单位是某家企业就要求其承担额外的费用，而其他未中标单位则无需承担。
双方共识与未中标单位权益：
- 招标人与中标单位需在招标文件和合同中达成明确的共识，并确保该约定不会损害其他未中标单位的合法权益。如果约定导致未中标单位在投标过程中处于不利地位，或者增加了其不必要的负担，那么这样的约定可能是不合法的。
三、实际操作中的注意事项与建议
明确约定：
- 在招标前，招标人应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述。这有助于避免后续产生不必要的纠纷，确保招投标活动的顺利进行。
- 中标单位在参与投标时，也应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出质疑或向我咨询，以确保自身权益不受损害。
遵循法律法规：
- 在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和招标文件的具体规定。例如，《中华人民共和国招标投标法》第十二条规定，招标人有权自行选择招标代理机构，并委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，而招标代理机构应依法收取代理费用。
风险防范：
- 若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险。因此，建议招标人在招标文件中明确约定费用承担方式，并在合同中进一步细化相关条款，以降低风险。
- 如遇纠纷，各方应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。在解决纠纷过程中，应充分尊重法律法规和合同约定，确保纠纷得到公正、合理的解决。
四、结论与进一步思考
综上所述，招标代理费由中标单位支付的合法性需根据具体情况及合同约定来判断。在实际操作中，建议各方遵循法律法规和行业惯例，确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性。同时，招标人和中标单位也应加强沟通与合作，共同维护招投标活动的公平、公正和顺利进行。如果您在招投标活动中遇到任何法律问题或疑虑，欢迎随时向我咨询。