在合同中约定招标费用由乙方承担是合法的，但具体合法性及合理性需结合合同内容、项目性质及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同约定与法律合规性
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，有权就合同内容（包括费用承担）进行约定。因此，若合同中明确约定招标费用由乙方承担，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该约定是合法有效的。
法律法规的考量：
- 招标费用的承担并非由某一特定法律直接规定，而是通常由招标文件或合同中约定。只要双方约定不违反相关法律法规（如《招标投标法》等）中关于招标程序、费用承担等的基本原则，该约定即具有法律效力。
二、合理性分析
行业惯例与实际情况：
- 在实践中，招标费用的承担方式因项目性质、地区差异及行业习惯等因素而有所不同。有些项目中，招标人（甲方）可能会承担招标费用，以体现对招标过程的重视和对投标人的尊重；而在另一些项目中，招标人可能会将招标费用转嫁给中标人（乙方）承担，以减轻自身负担。
- 因此，合同中约定招标费用由乙方承担，并不违背行业惯例或实际情况，只要双方对此有明确约定且该约定合理合法。
风险分担与利益平衡：
- 从风险分担的角度来看，如果乙方承担招标费用，那么乙方在投标过程中可能会更加谨慎地评估项目风险和自身实力，从而降低盲目投标和恶意竞标的风险。
- 从利益平衡的角度来看，如果招标项目对乙方具有较大的吸引力或潜在利益，那么乙方承担一定的招标费用也是合理的，因为这可以视为乙方为获取项目而付出的成本之一。
三、注意事项与实践建议
明确约定与合规性审查：
- 为确保双方的权益，建议在合同中明确约定招标费用的承担方式、金额、支付时间等细节。同时，双方应确保该约定符合相关法律法规及政策要求，避免涉及违规操作。
监督与管理：
- 如果招标费用由乙方承担，甲方应对招标过程进行监督和管理，确保招标活动的公正性和透明度。同时，甲方也应确保乙方按照约定支付招标费用，并保留好相关凭证以备查验。
灵活性与协商：
- 双方可根据具体情况协商招标费用的承担方式。例如，可以约定招标费用由双方分担、由乙方承担但甲方给予一定补偿等。在协商过程中，应充分考虑项目性质、市场竞争情况、双方的实际需求及法律法规的要求。
举例说明：假设在一个建设工程招标项目中，甲方与乙方在合同中明确约定招标费用（包括招标代理费、公告费等）由乙方承担。只要该约定不违反相关法律法规且双方对此有充分理解并自愿接受，那么该约定就是合法有效的。在后续执行过程中，乙方应按照约定支付招标费用，而甲方则应确保招标活动的公正性和透明度。
总结与建议：合同中约定招标费用由乙方承担是合法的，但具体合法性及合理性需结合合同内容、项目性质及相关法律法规综合判断。在实际操作中，建议双方充分沟通、明确各自的权利和义务，并确保招标费用的承担方式符合法律法规及政策要求。如果你在合同纠纷或建设工程领域有任何法律问题，都可以直接向我咨询。