招标代理费由中标单位支付，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规基础
《中华人民共和国招标投标法》：该法第十二条规定，招标人有权自行选择招标代理机构，委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，招标代理机构应依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。虽然该法并未直接规定招标代理费由谁支付，但为招标代理服务费的收取提供了基本法律依据，强调了合法、公平和透明原则。
政策调整与市场调节：根据《关于放开部分服务价格意见的通知》（发改价格〔2014〕2755号）及后续相关文件，招标代理服务收费标准已由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人收取服务费的合法性，只要这种收费行为符合市场规律和法律法规要求。
二、支付主体的约定与合法性
常规做法：在大多数情况下，招标代理服务费由招标人支付，因为招标人是招标活动的发起者和受益者。然而，这并非绝对，支付主体可以通过约定进行变更。
特别约定：若招标人、招标代理机构与投标人在招标文件中有特别约定，并达成一致意见，招标代理服务费可以由中标人支付。这种约定必须在招标文件中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。例如，招标文件可以规定“招标代理服务费由中标人承担，并计入投标报价”，这样中标人在中标后就需要按照约定支付招标代理费。
合法性要求：相关约定不能存在不合理的歧视性或排他性条款，以确保招投标活动的公平、公正和公开。同时，约定必须清晰明确，避免产生歧义或后续纠纷。
三、实际操作中的注意事项
明确约定：无论采用哪种支付方式，都应在招标文件、委托代理合同等相关文件中明确约定，以避免后续产生纠纷。约定内容应包括招标代理服务费的收取标准、支付方式、支付主体等关键信息。
遵循法律法规：在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和招标文件的具体规定，确保招标代理费用的支付符合法律要求。例如，不得利用约定进行利益输送或违反公平竞争原则。
风险防范：对于招标人而言，应谨慎选择招标代理机构，并明确费用承担方式，以避免后续产生不必要的纠纷。对于中标人而言，在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出质疑或咨询专业法律人士。
四、结论与建议
综上所述，招标代理费由中标单位支付并非绝对合法或非法，其合法性取决于招标文件、合同条款以及相关法律法规的具体规定。在实际操作中，建议招标人在招标文件中明确招标代理服务费的收取标准、支付方式及支付主体等关键信息，并确保这些约定不违反法律法规的强制性规定。同时，招标代理机构也应遵循诚信、公正的原则，合理确定服务费用，维护市场秩序和当事人的合法权益。
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