招标代理机构费用可以约定由中标人支付，这种约定是合法的，且有明确的法律依据。具体分析如下：
一、法律依据
初始规定：2002年10月15日，原国家计委发布的《招标代理服务收费管理暂行办法》(计价格〔2002〕1980号)第十条规定，招标代理服务实行“谁委托谁付费”，即由招标人支付代理费。但这一规定后续被修改。
修改后的规定：2003年9月15日，国家发展改革委办公厅发布《关于招标代理服务收费有关问题的通知》(发改办价格〔2003〕857号)，将原规定修改为“招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定”。这一修改为招标代理费由中标人支付提供了法律依据。
市场调节价：2015年2月11日，国家发展改革委发布《关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知》(发改价格〔2015〕299号)，规定招标代理服务费不再实行政府指导价，改为市场调节价。这意味着招标代理费的支付方式和金额可以由招标人、招标代理机构和投标人通过协商确定。
二、实务操作
从实务角度看，招标代理费由中标人支付通常是通过两步实现的：
委托合同约定：招标人与招标代理机构签订委托合同，约定招标代理费由中标人支付，并确定收费标准。
招标文件规定：招标文件规定招标代理费由中标人支付，并作为实质性条款要求投标人在投标报价时充分考虑。
三、法律关系
根据《民法典》第五百二十三条关于由第三人履行的合同的规定，“当事人约定由第三人向债权人履行债务，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任”。招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付，正是基于上述规定的“第三人代为履行制度”，属于“由第三人履行的合同”，不违反法律行政法规的强制规定，约定受法律保护，且更有利于招标代理机构实现其债权。
四、注意事项
尽管招标代理费由中标人支付在法律上是可行的，但也存在一些弊端和需要注意的问题：
市场调节价机制：未实现政府预期的市场调节价机制，可能导致招标代理费依然参照已废止的规定计算。
廉政风险：对招标人来说，可能存在廉政风险，因为招标代理机构为了承揽业务，可能采用非正当手段。
增加中标人负担：招标人和招标代理机构可能将自身意志强加于潜在投标人，增加中标人的负担。
五、建议
针对以上问题，提出如下建议：
施行谁委托谁付费：相关部门应出台制度，规定特别是国有投资项目实行谁委托谁付费制度，以减轻中标人的负担。
明确约定招标代理费计算方法：区分代理项目的规模、预算情况，既要维持小项目时代理机构的成本，又要控制大项目时代理机构的超额利润。
引入竞争机制：招标人应对招标代理公司进行比较选择，依据服务质量、收费标准等条件综合考虑，择优选用。
结论：招标代理机构费用可以约定由中标人支付，这种约定在法律上是合法的，且有明确的法律依据。但在实际操作中，也需要注意可能存在的弊端和问题，并采取相应的措施加以解决。如果您在建设工程领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。