招标代理费的支付主体原则上遵循“谁委托谁付费”的原则，但在实际操作中，这一原则已不再是强制性的，而是更多地依赖于合同约定。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般原则
谁委托谁付费：
- 根据早期的《招标代理服务收费管理暂行办法》（虽已被废止，但体现了当时的原则性规定），招标代理服务实行“谁委托谁付费”的原则，即原则上由委托招标代理机构的招标人支付招标代理费。这一原则体现了权利义务的对等性，即招标人作为委托方，享受招标代理服务的同时，应承担相应的费用。
法律允许的选择权：
- 《中华人民共和国招标投标法》第十二条规定，招标人有权自行选择招标代理机构并委托其办理招标事宜。这意味着招标人在法律框架内有权与代理机构协商确定代理费的支付方式。同时，若招标人具有编制招标文件和组织评标能力的，可以自行办理招标事宜，无需委托招标代理机构。
二、约定优先原则
合同自由：
- 尽管一般原则是由招标人支付招标代理费，但《中华人民共和国民法典》合同编及相关法律法规允许合同当事人在不违反强制性规定的前提下，就招标代理费的支付进行自由约定。这意味着，招标人、招标代理机构与投标人之间可以通过合同约定改变“谁委托谁付费”的原则。
具体约定的效力：
- 招标文件、投标文件或后续签订的合同中，若明确约定了招标代理费的支付方（如中标人），则该约定具有法律效力，相关方需按约履行。这种约定通常出现在某些特定类型的招标项目中，如政府采购项目，其中可能允许代理费用由中标、成交供应商支付。
三、实际操作中的注意事项
合法合规性：
- 无论采取何种支付方式，都必须严格遵守相关法律法规的规定，确保费用支付的合法性和合规性。例如，在政府采购项目中，若约定由供应商支付代理费用，则报价应包含代理费用，且该约定需符合政府采购的相关规定。
计费标准：
- 招标代理费的计费标准应遵循相关规定和行业标准，并在规定的收费标准和浮动幅度内由招标代理机构和招标委托人协商确定。这有助于确保费用支付的合理性和公平性。
透明性与公平性：
- 招标活动应遵循公平、公正、公开和诚实信用原则，招标代理费的支付安排应在整个招标流程中清晰明确，以保障各方的合法权益。例如，在招标文件中应明确招标代理费的支付方式、金额及时间等事项，以便投标人了解并作出相应决策。
四、实际应用指导
- 招标人：在编制招标文件时，应明确招标代理费的支付方式及责任承担方。若选择由中标人支付代理费用，则应在招标文件中明确说明，并确保该约定符合相关法律法规的规定。
- 招标代理机构：应主动向招标人说明其服务内容及收费标准，并在合同中予以明确。同时，应确保所提供的服务符合行业标准和招标人的要求。
- 投标人：在参与投标前应仔细阅读招标文件及相关合同条款，了解招标代理费的支付要求。若对支付方式有疑问或异议，应及时与招标人或招标代理机构进行沟通确认。
综上所述，招标代理费的支付主体虽原则上为招标人，但在实际操作中可根据项目性质、合同约定以及相关法律法规的允许范围进行灵活调整。重要的是，任何支付安排都必须确保合法合规，并遵循透明、公平的原则，以维护招标活动的公正性和各方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。