招标代理费原则上由招标人支付，但具体支付方可根据招标文件约定或相关法律法规及三方合法约定来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规基础
《中华人民共和国招标投标法》：该法第十二条规定，招标人有权自行选择招标代理机构，并委托其办理招标事宜。这意味着招标人在法律框架内有权与代理机构协商确定代理费的支付方式。同时，该法并未强制规定招标代理费必须由哪一方支付，而是给予了招标人一定的自主权。
《招标代理服务收费管理暂行办法》（虽已废止，但相关原则仍具参考价值）：该办法曾明确规定，招标代理服务费用原则上由招标人支付，但也允许招标人、招标代理机构与投标人有不同约定的情形存在。这体现了法律对招标代理服务费用支付灵活性的认可。
二、实际支付情况
招标人支付：
- 在大多数情况下，特别是政府投资的工程项目中，招标代理费由招标人承担。这是因为招标活动是招标人发起的，招标代理机构为招标人提供了包括编制招标文件、组织开标评标等一系列专业服务，因此由招标人作为服务的接受方支付费用是合理的。
- 招标人支付招标代理费通常计入工程前期费用或按照财政部门的规定列支。
投标人支付：
- 尽管法规一般规定由招标人支付，但在商业项目等特定情境下，招标文件中可能会明确约定中标人需支付招标代理费。这种安排通常在投标前就已明确，投标人会在考虑投标报价时将这一费用纳入考量。
- 例如，在某些地区或行业，为了优化营商环境或基于行业惯例，可能会形成由中标人支付招标代理费的相对固定模式。但这种约定必须明确、合法，并遵循相关法律法规的规定。
三、支付原则与注意事项
公平合理：
- 无论是由招标人还是投标人支付，招标代理费的收取都应遵循公平、合理的原则。招标代理机构应提供与费用相匹配的专业服务，确保费用的透明度，避免乱收费现象的发生。
遵循法律法规：
- 在支付招标代理费用时，各方应严格遵循相关法律法规的规定。特别是要关注当地相关部门对招标代理服务费的具体规定，以确保支付的合法性及合理性。
明确约定：
- 招标文件、投标文件或后续签订的合同中，应明确约定招标代理费的支付方、支付方式、金额等条款。这是双方合作的基础，也是解决后续纠纷的重要依据。
合理确定费用：
- 招标代理费的额度并非固定不变，招标人可以与招标代理机构协商确定。但无论费用如何确定，都应保持合理水平，以确保招标活动的顺利进行，并避免过高或过低的费用对招标活动产生不良影响。
四、特殊情况下的支付安排
- 在政府采购项目中，根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》及《政府采购代理机构管理暂行办法》的相关规定，代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可以由采购人支付。若由供应商支付，则报价应包含代理费用。
总结与建议：
招标代理费的支付主体并非一成不变，而是可以根据法律法规的框架及实际情况进行灵活约定。在实际操作中，各相关方应充分沟通并明确支付方式，以确保招标活动的顺利进行及各方权益的有效保障。如果您在招标代理费支付方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。