关于招投标代理机构代理费用由谁承担的问题，这并非一个绝对固定的答案，而是需要根据具体情况和双方约定来确定。以下是我从不同角度为您进行的详细分析：

1. 一般原则：招标人承担

   • 根据《招标代理服务收费管理暂行办法》及相关通知的规定，工程招标代理费原则上应由招标人支付。这是因为招标代理服务主要是为招标人完成项目招标工作而提供的专业服务，招标人作为招标活动的发起者和主导者，支付代理费在逻辑上较为合理。
   • 实践应用：在政府投资的大型基础设施建设项目中，招标人支付招标代理费的情况较为常见，这有助于规范和管理招标流程。

2. 合同自由原则：双方约定

   • 虽然法律规定了招标人为支付主体的一般原则，但《中华人民共和国民法典》中的合同自由和意思自治原则同样适用。这意味着，如果招标人、招标代理机构与投标人之间就招标代理费的承担达成了其他约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定具有法律效力，各方应按照约定执行。
   • 实践应用：在实践中，常出现由中标人承担招标代理费的情况。这主要基于招标人希望将这笔费用纳入项目成本，且中标人因获得商业机会和利益，承担此费用具有一定的合理性。双方如有明确约定，应按照约定执行。

3. 特殊情况下的费用承担

   • 三方约定：除了招标人和中标人之间的约定外，如果招标人、招标代理机构与投标人（或中标人）之间另有约定，且该约定合法有效，那么招标代理费的承担方可能并非招标人，而是中标人或其他相关方。
   • 招标文件及合同约定：招标文件及合同中关于招标代理费的具体约定也是确定承担方的重要依据。如果文件中明确规定了费用的承担方和支付方式，那么应严格按照约定执行。
   • 项目性质、当地规定及交易习惯：具体承担主体还可能受项目性质、当地规定及交易习惯等因素的影响。例如，某些地方政府可能有特定的规定或政策导向，或者在某些行业领域内存在特殊的交易习惯，这些都可能影响招标代理费的承担方式。

4. 实践中的操作建议

   • 明确约定：为了避免后续争议，建议在招标文件、合同中明确约定招标代理费的承担方、支付方式及金额等关键信息。这样，各方对费用承担有清晰的认知，可以减少不必要的纠纷。
   • 依法履行：各方应严格遵守法律法规和合同约定，依法履行各自的义务。如果发生争议，应及时通过法律途径解决，以维护自身合法权益。
   • 合理定价：招标代理费的收费标准应遵循国家相关部门制定的收费标准或市场调节价，确保费用的合理性。过高的费用可能增加项目成本，而过低的费用则可能影响服务质量。

总结：招投标代理机构代理费用在一般情况下应由招标人承担，但具体承担方和支付方式可能因招标文件、合同中的约定以及特殊情况而有所不同。因此，在实践中，各方应明确各自的权利和义务，并依法履行合同约定的内容。如果您在招投标过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。