关于招标代理协议中招标代理费用的承担问题，这并非一个绝对固定的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从多个角度为您详细分析的情况：

1. 有约定按约定

   • 情况说明：在招标项目中，招标人与招标代理机构（或投标人、中标人）可以通过招标文件、合同条款等方式，事先明确招标代理费的承担方。这是基于合同自由原则，即各方在平等自愿的基础上，可以就合同内容达成一致意见。
   • 实践应用：实践中，常出现由中标人承担招标代理费的情况。这主要是因为招标人希望将这笔费用纳入项目成本，而中标人因获得商业机会和利益，承担此费用也具有一定的合理性。当然，如果双方约定由招标人或其他方承担，也是完全可以的，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

2. 无约定时按规定

   • 情况说明：若招标文件和相关合同未对招标代理费的承担作出明确约定，则应遵循法律法规和行业惯例。虽然我国相关法律法规并未明确规定招标代理费的具体承担主体，但根据公平原则及费用与招标活动实施主体的关联性，通常由招标人承担招标代理费。
   • 法律依据：根据《招标代理服务收费管理暂行办法》等相关规定，工程招标代理费原则上应由招标人支付。这是法律法规对招标代理费支付主体的明确界定，但在实际操作中，仍需结合具体情况和双方约定来判断。

3. 特殊情况的考量

   • 项目性质：不同性质的项目可能对招标代理费的承担有不同的要求。例如，政府投资项目可能更倾向于由招标人承担，而商业项目则可能根据双方协商来确定。
   • 当地规定：某些地方政府可能有特定的规定或政策导向，影响招标代理费的承担方式。因此，在处理具体案件时，需要了解并遵循当地的相关规定。
   • 交易习惯：在某些行业领域内，可能存在特殊的交易习惯或惯例，这也可能影响招标代理费的承担方式。例如，某些行业可能习惯由中标人承担招标代理费。

4. 避免纠纷的建议

   • 明确约定：为避免后续产生纠纷，双方在招标过程中应充分沟通并明确招标代理费的承担方、支付方式等相关细节。建议在合同中详细列明相关条款，确保双方权益得到保障。
   • 依法履行：各方应严格遵守法律法规和合同约定，依法履行各自的义务。如果发生争议，应及时通过法律途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

总结与建议：招标代理费的承担主体需根据具体情况综合考虑招标文件、合同条款以及法律法规等因素来确定。为避免后续纠纷，建议双方在招标过程中充分沟通并明确相关细节，在合同中详细列明相关条款。如果您在处理具体案件时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供准确的法律意见。