结论：员工提前3个月告知离职，但中间突然不来上班，公司是否可以按旷工处理，需根据具体情况判断。若员工无正当理由擅自离岗，公司有权按旷工处理；若存在合理事由，则公司需谨慎处理。
分析：
员工擅自离岗的性质：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，员工应遵守公司的规章制度和劳动合同约定。若员工在提前告知离职后，未经公司同意擅自离岗，且无正当理由，这种行为通常被视为违反公司规章制度和劳动合同的行为。
- 在此情况下，公司有权依据内部规章制度或劳动合同中的相关条款，将员工的擅自离岗行为视为旷工，并据此进行相应的处理，如扣发工资、解除劳动合同等。
员工可能存在的合理事由：
- 尽管员工提前告知了离职，但在离职前若遇到突发情况（如突发疾病、家庭紧急事务等），且这些情况属于不可抗力或合理事由，导致员工无法继续上班，那么员工应及时与公司沟通并说明情况。
- 在此情况下，公司应考虑员工的实际情况，给予一定的理解和宽容，不宜直接按旷工处理。公司可以与员工协商调整离职时间或安排其他工作方式，以减轻员工因突发情况带来的负担。
公司的处理流程与注意事项：
- 调查核实：在发现员工擅自离岗后，公司应首先进行调查核实，了解员工离岗的具体原因和情况。
- 沟通协商：若员工存在合理事由，公司应与员工进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 依据规章制度处理：若员工无正当理由擅自离岗，公司应依据内部规章制度或劳动合同中的相关条款进行处理。在处理过程中，公司应确保处理程序的合法性和公正性，避免侵犯员工的合法权益。
- 保留证据：无论处理结果如何，公司都应保留相关证据（如员工离岗的通知、沟通记录、规章制度等），以备不时之需。
建议：
- 对于公司而言，在处理员工擅自离岗问题时，应坚持合法、公正、合理的原则，既要维护公司的利益，也要尊重员工的合法权益。
- 对于员工而言，在提前告知离职后，应尽可能按照公司的要求和安排完成工作交接和离职手续。若遇到突发情况无法继续上班，应及时与公司沟通并说明情况，寻求双方都能接受的解决方案。
后续行动：
- 若公司决定按旷工处理员工，应确保处理程序的合法性和公正性，并提前告知员工处理结果和依据。
- 若员工对处理结果有异议，可以通过劳动仲裁或法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，公司应积极配合相关部门的调查和处理工作。
如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。