结论：在员工不同意离职且不来公司的情况下，是否可以按旷工处理，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同及公司规章制度的角度：

   • 首先，需要查看劳动合同中是否有关于员工旷工及离职的相关规定。如果合同中明确规定了员工旷工达到一定天数可以视为自动离职或公司有权解除劳动合同，那么在员工确实存在旷工行为时，公司可以依据合同进行处理。
   • 其次，公司规章制度也是判断的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了旷工的定义、处理方式及后果，并且这些规定已经通过合法程序告知员工（如员工手册签字确认、培训记录等），那么在员工旷工时，公司可以按照规章制度进行处理。

2. 旷工事实的认定：

   • 旷工的认定需要基于确凿的证据。公司需要证明员工确实未到公司上班，且没有合理的理由（如病假、事假等）。这通常需要通过考勤记录、监控录像、同事证言等方式来证明。
   • 如果公司无法提供充分的证据证明员工旷工，那么就不能随意按旷工处理。否则，可能面临违法解除劳动合同的风险，需要支付经济补偿金或赔偿金。

3. 处理程序的合法性：

   • 即使公司有合法的合同和规章制度，且能够证明员工旷工，但在处理时仍需遵循合法的程序。例如，在解除劳动合同前，通常需要先通知员工并听取其陈述和申辩意见。
   • 如果公司未按照法定程序处理，即使员工确实存在旷工行为，公司的处理也可能被认定为违法。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果员工不来公司是因为公司的原因（如未提供劳动条件、未支付劳动报酬等），那么员工可能有权拒绝上班，并且不构成旷工。此时，公司不能按旷工处理员工。
   • 另外，如果员工不来公司是因为不可抗力因素（如自然灾害、疫情等），且能够提供相关证明，那么也不应视为旷工。

法律建议：

• 在处理此类问题时，公司应首先审查劳动合同和公司规章制度，确保有合法的依据。
• 同时，公司应收集充分的证据来证明员工旷工的事实。
• 在处理前，公司应遵循合法的程序，通知员工并听取其陈述和申辩意见。
• 如果员工不来公司的原因与公司有关或存在不可抗力因素，公司应谨慎处理，避免违法解除劳动合同。

可能的法律后果：

• 如果公司违法解除劳动合同，可能需要支付经济补偿金或赔偿金给员工。
• 如果员工因此提起劳动仲裁或诉讼，公司可能面临败诉的风险，并需要承担相应的法律责任。

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