针对您提出的“工龄超过十二年企业要怎样补偿”的问题，我将依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，为您详细解答补偿方式及标准。

一、经济补偿金标准

1. 基本补偿原则：

   • 根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
   • 对于工龄超过十二年的员工，企业需支付至少十二个月的工资作为经济补偿。若工作年限超过十二年但不足十五年半（即N+1中的N为整数部分），补偿月数按实际年限计算。

2. 封顶条款限制：

   • 普通情况：若员工月工资未超过当地职工月平均工资三倍，则无封顶限制，直接按实际工作年限计算经济补偿。
   • 高收入群体：若员工月工资高于当地职工月平均工资三倍，则补偿年限最高不超过十二年，且补偿总额不得超过按三倍月平均工资计算的十二个月金额。例如，某地区月平均工资为5000元，员工月工资为2万元（超过三倍），则补偿上限为5000元×3×12=18万元。

二、代通知金（如适用）

1. 支付条件：

   • 若用人单位未提前三十日书面通知解除劳动合同，则需额外支付一个月工资作为代通知金。
   • 此规定与经济补偿金独立计算，适用于所有符合法定解除条件的情形。

2. 计算基数：

   • 代通知金的计算基数为员工上一个月的工资标准，包括基本工资、奖金、津贴等货币性收入，但不包含非经常性收入（如年终奖）。

三、特殊情形的补偿调整

1. 违法解除的后果：

   • 若用人单位无法证明解除行为合法（如无正当理由或程序违规），则需按经济补偿标准的两倍支付赔偿金。
   • 例如，工龄十二年的员工本应获得12个月工资的经济补偿，若违法解除，则需支付24个月工资作为赔偿。

2. 协商解除的灵活性：

   • 双方协商一致解除合同时，补偿金额可突破法定标准。
   • 企业可能基于人道主义或避免诉讼风险，主动提供高于“N+1”的补偿方案（如“N+3”）。此类协议需以书面形式明确约定，以避免后续争议。

四、补偿计算示例

假设某员工工龄12年6个月，月工资1万元，当地月平均工资3000元：

1. 经济补偿金：12.5个月×1万元=12.5万元（未超三倍封顶）。
2. 代通知金（如未提前通知）：1万元。
3. 合计补偿：12.5万+1万=13.5万元。

若该员工月工资为2万元（超过三倍封顶）：

1. 经济补偿金：12个月×(3000元×3)=10.8万元。
2. 代通知金（如适用）：此处存在司法实践差异，部分地区可能按封顶基数（即当地月平均工资的三倍）计算，若按实际工资计算则为2万元，但具体需依据地方裁判口径。
3. 合计补偿：约10.8万至12.8万元（具体金额需根据地方规定和实际情况确定）。

综上所述，工龄超过十二年的员工在解除劳动合同时，其补偿方式主要依据《劳动合同法》的相关规定执行，包括经济补偿金、代通知金以及特殊情形下的补偿调整。希望这些信息能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。