结论：公司采用综合工时制但未支付加班费，这一做法是否合法需视具体情况而定。若公司未依法申请综合工时制或未按照相关规定支付加班费，则可能构成违法。

详细分析：

1. 综合工时制的定义与申请：

   • 综合工时制是一种特殊工时制度，它允许企业根据生产、工作的特点，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方式，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 企业要实行综合工时制，必须向劳动保障行政部门提出申请，并获得批准。未经批准，企业不得擅自实行综合工时制。

2. 加班费的支付规定：

   • 在综合工时制下，如果劳动者在一个综合计算周期内的实际工作时间超过法定标准工作时间，超出部分应视为延长工作时间，并按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
   • 如果劳动者在休息日（如周末）工作，但整个综合计算周期内的总工作时间未超过法定标准，则不视为加班，企业无需支付加班费。然而，如果劳动者在法定节假日工作，则无论总工作时间是否超标，企业都应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

3. 公司未支付加班费的可能情况：

   • 未依法申请综合工时制：如果公司未向劳动保障行政部门申请并获得批准就擅自实行综合工时制，那么其未支付加班费的行为可能构成违法。
   • 未按照规定支付加班费：即使公司依法申请了综合工时制，但如果在实际操作中未按照上述规定支付加班费，那么其行为也构成违法。

4. 劳动者的维权途径：

   • 如果劳动者认为公司未依法支付加班费，可以先与公司进行协商，要求公司补发加班费。
   • 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动保障监察机构投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付加班费及可能的赔偿金。

建议：

• 对于劳动者而言，应保留好与加班相关的证据，如加班通知、考勤记录、工作记录等，以便在维权时提供有力支持。
• 对于公司而言，应严格遵守劳动法律法规，依法申请并实行综合工时制，并按照规定支付加班费，以避免不必要的法律风险。

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