综合计算工时工作制下，劳动者并非完全没有加班费，而是加班费的支付条件和计算方式与普通工时制有所不同。以下是对此问题的详细分析：
一、综合计算工时制的定义与特点
综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但平均日和周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
二、加班费的支付条件
法定节假日工作：
- 无论劳动者在综合计算周期内的实际工作时间如何，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这一规定是强制性的，且不能以调休或补休来替代。
综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数（如某季度为500小时），那么超出部分应视为延长工作时间。对于这部分超时工作，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付加班工资。
综合计算周期内未超过法定标准工作时间：
- 如果劳动者的实际工作时间总数在综合计算周期内未超过法定标准工作时间总数（即使在某一日或某一周内超过了标准工作时间），则通常不视为加班，用人单位无需支付加班费。例如，以月为计算周期，员工全月累计工作时间未超过166.64小时，则不存在加班情况。
休息日工作的特殊情况：
- 在综合工时制下，休息日工作是否视为加班，需结合具体制度判断。若休息日计入正常工作日，则不额外支付加班费；若休息日工作且用人单位不能安排补休的，一般应按照不低于本人日或小时工资标准的2倍计算加班费（但这一点可能因地方规定而有所不同，需具体核实）。
三、加班费的计算方法
基础数据收集：
- 需要统计员工在综合计算周期内的总工作时间、正常工作时间以及延长的工作时间等。
计算标准：
- 根据《劳动法》的规定，延长工作时间的加班费按不低于工资的150%计算；法定节假日的加班费按不低于工资的300%计算。
具体公式（以月度综合工时制为例）：
- 假设员工月薪为X元，月法定标准工作时间为167小时（约等于每月21.75天×8小时/天），实际工作总时间为Y小时，其中法定假日工作Z小时。
- 法定假日加班费计算：
$\( \text{法定假日加班费} = \frac{X}{21.75} \times 300\% \times \left(\frac{z}{8}\right) \)$（若Z小时为完整工作日则直接按日工资300%计算）
- 延时加班费计算（若Y > 167）：
$\( \text{延时加班费} = \frac{X}{21.75 \div 8} \times 150\% \times (Y - 167) \)$
四、实际案例
假设某员工实行月度综合工时制，月薪5000元，当月总工时200小时，其中法定假日工作8小时。
法定假日加班费：
- 日工资 = 5000元 ÷ 21.75天 ≈ 229.89元/天
- 法定假日加班费 = 229.89元/天 × 300% × (8小时 ÷ 8小时) = 689.67元
延时加班费（假设剩余33小时均为延时）：
- 小时工资 = 5000元 ÷ (21.75天 × 8小时/天) ≈ 28.74元/小时
- 延时加班费 = 28.74元/小时 × 150% × 33小时 ≈ 1422.63元
总加班费：
- 总加班费 = 法定假日加班费 + 延时加班费 = 689.67元 + 1422.63元 = 2112.30元
五、建议与注意事项
企业端：
- 确保综合计算工时制经过劳动部门批准，并明确加班费计算规则。
- 定期核对工时数据，避免法律风险。
员工端：
- 保存考勤记录，了解自身权益。
- 发现异常及时与企业沟通或向劳动监察部门投诉。
综上所述，综合计算工时制并不免除用人单位支付加班费的义务。只要劳动者在法定节假日工作或在综合计算周期内的工作时间超过了法定标准工作时间，就有权要求用人单位支付相应的加班费。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。