结论：公司未获得人社局的综合工时制审批，却用周末加班抵扣工作日休息时间，这种做法不合法。以下从多个角度进行详细分析：
一、综合工时制的审批要求
综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许用人单位根据生产、工作的特点，对劳动者的工作时间进行灵活安排，但必须经过人社局的审批。如果公司未获得这一审批，就擅自实行综合工时制，或者以综合工时制的名义进行不合理的工时安排，都是违法的。
二、周末加班与工作日休息时间的抵扣问题
加班的认定与补偿：
- 根据《劳动法》的规定，劳动者在休息日（如周末）工作，且不能安排补休的，用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，周末加班原则上应给予补休或支付加班费，而不是简单地抵扣工作日休息时间。
抵扣的合法性：
- 即使公司获得了综合工时制的审批，也不能随意用周末加班来抵扣工作日休息时间。综合工时制下的工作时间安排应遵循公平、合理的原则，且需确保劳动者的总工作时间不超过法定标准。
- 在未获得审批的情况下，公司更无权进行此类抵扣。这种做法实际上是在变相剥夺劳动者的休息权，违反了《劳动法》中关于工作时间和休息休假的规定。
三、可能的法律后果
行政处罚：
- 如果公司未获得综合工时制审批而擅自实行，或者以不合法的方式安排工作时间，劳动行政部门有权对其进行行政处罚，包括警告、罚款等。
劳动争议与赔偿：
- 劳动者有权就公司的违法行为向劳动争议仲裁委员会或法院提起仲裁或诉讼，要求公司支付加班费、赔偿金等。
- 如果因公司的违法行为导致劳动者身心健康受损，劳动者还有权要求公司承担相应的医疗费用和精神损害赔偿等。
四、建议与措施
与公司沟通：
- 劳动者可以首先与公司进行沟通，明确表达自己的权益和诉求，要求公司停止违法行为并支付应得的加班费。
向劳动行政部门投诉：
- 如果公司拒绝改正或继续违法行为，劳动者可以向当地的劳动行政部门投诉，请求其对公司进行调查和处理。
寻求法律援助：
- 在必要时，劳动者可以寻求法律援助或咨询专业律师，以更好地维护自己的合法权益。
作为专注于工伤赔偿、刑事辩护领域的王涛律师，我建议你如果遇到类似问题，应首先保留好相关证据（如加班记录、工资条等），然后与公司进行沟通协商。如果协商无果，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。