结论：公司以未上满8个小时为由扣除双休加班工资的行为，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：

法律角度

1. 加班工资的支付规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在休息日（如双休日）加班的，用人单位应当按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班工资。这一规定是强制性的，用人单位必须遵守。

2. 工作时间与加班工资的关系：

   • 劳动者的工作时间与加班工资的支付是两个独立的概念。即使劳动者某天未上满8个小时，如果这并不影响其已经完成的加班工作，用人单位仍应按照实际加班时间支付加班工资。
   • 用人单位不能以劳动者未上满8个小时为由，拒绝支付或扣除其双休日的加班工资。

实际操作角度

1. 公司规章制度的合法性：

   • 如果公司规章制度中有关于“未上满8个小时扣除双休加班工资”的规定，这一规定很可能是违法的，因为它违反了劳动法的强制性规定。
   • 劳动者有权拒绝执行违法的规章制度，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 证据收集与维权：

   • 如果劳动者遇到公司扣除双休加班工资的情况，应首先收集相关证据，如加班记录、工资条、公司规章制度等。
   • 然后，劳动者可以与公司进行协商，要求公司补发加班工资。如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

特殊情况考虑

• 虽然一般情况下公司扣除双休加班工资是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定了加班工资的支付条件，且该约定不违反法律强制性规定，那么双方应按照约定执行。然而，这种约定通常很难被认定为合法有效，因为加班工资的支付是劳动法的强制性规定，不允许通过劳动合同进行变更。

建议：

• 劳动者应了解自己的合法权益，包括加班工资的支付规定等。
• 如果遇到公司扣除双休加班工资的情况，应首先与公司进行协商，要求公司补发加班工资。
• 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。