结论：司机将运费抵扣工资的行为是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同与公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果司机与公司签订的劳动合同中明确约定了工资的支付方式、金额以及是否允许以运费抵扣工资等条款，那么双方应严格按照合同约定执行。
- 若合同中未明确约定，但双方在实际履行过程中形成了以运费抵扣工资的惯例，且双方均无异议，这种做法在法律上可能被视为双方对合同内容的实际变更，但需确保这种变更不违反法律法规的强制性规定。
公司规章制度：
- 公司规章制度中若明确规定了工资支付方式及是否允许以运费抵扣工资，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，对司机具有约束力。
- 若规章制度中未规定或规定不明确，则不能单方面以运费抵扣工资，否则可能构成违法。
二、法律法规的角度
《劳动法》与《劳动合同法》：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 若司机与公司之间的运费抵扣工资行为，实质上构成了对工资的克扣或拖欠，且没有合法依据（如劳动合同约定、公司规章制度规定或双方协商一致），则这种行为是违法的。
其他相关法律法规：
- 如果司机与公司之间的运费抵扣工资行为涉及税务、财务等方面的规定，还需考虑相关法律法规的约束。例如，若运费抵扣工资导致公司未依法履行纳税义务，可能面临税务处罚。
三、实际操作与建议
核实合同与规章制度：
- 司机应首先核实自己与公司签订的劳动合同以及公司的规章制度，了解其中关于工资支付和运费抵扣的具体规定。
与公司协商：
- 若合同或规章制度中未明确规定，或规定存在争议，司机应与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：
- 若协商无果，司机可以寻求法律援助，向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：假设司机与公司签订的劳动合同中明确规定了工资支付方式为每月固定金额，且未提及以运费抵扣工资。若公司未经司机同意，擅自将运费抵扣工资，则这种行为违反了劳动合同的约定，也违反了《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定。司机有权要求公司补发被抵扣的工资，并可能因此获得相应的经济补偿。
进一步思考：在实际操作中，司机与公司之间的运费抵扣工资行为可能涉及多种复杂情况，如运费的具体金额、抵扣的比例、抵扣的时间等。因此，在处理此类问题时，应充分考虑各种因素，确保双方的权益得到妥善保护。若你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。