结论：工伤三个月如果在第二个月上了两天班，不影响工伤的认定，但可能会影响停工留薪期工资的发放，具体需根据实际情况判断。以下从工伤认定、停工留薪期工资发放两个角度进行详细分析：
一、工伤认定角度
工伤认定条件：
- 根据《工伤保险条例》第十四条，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。此外，还包括工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的，以及因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的等情形。
- 在您的情况下，如果已经初步认定为工伤（即满足上述工伤认定的条件），那么在工伤治疗期间，即使短暂上班，也不影响工伤的认定本身。工伤认定是基于事故发生时的情况，而非后续的治疗或工作状态。
工伤认定流程：
- 工伤认定需要由职工或其近亲属、用人单位在事故发生之日起一年内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 申请时需提供工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书等材料。
- 社会保险行政部门将根据提交的材料和调查情况进行审核，如果符合工伤认定的条件，将作出工伤认定的决定。
二、停工留薪期工资发放角度
停工留薪期定义：
- 停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期限。
- 在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
上班对停工留薪期工资的影响：
- 如果在停工留薪期内，职工已经恢复了一定的工作能力，并实际上班了两天，那么这两天通常不会按照停工留薪期的标准发放工资，而是按照实际工作的天数和工资标准来计算。
- 但是，这并不意味着整个停工留薪期的工资都会受到影响。如果职工在停工留薪期内的大部分时间都处于治疗或康复状态，无法工作，那么这部分时间的工资仍然应按照停工留薪期的标准发放。
具体计算方式（假设情况）：
- 假设职工的月工资为W元，停工留薪期为M个月，但在第二个月上了2天班，且这2天的工资按照实际工作天数计算为D元（D可能小于或等于W/当月工作日天数*2）。
- 那么，职工在停工留薪期内应获得的工资总额大致为：W*(M-1) + D（其中M-1表示除第二个月外的其他停工留薪期月份数）。
- 需要注意的是，这只是一个简化的计算方式，实际情况可能因具体政策和单位规定而有所不同。
建议：
- 如果您已经初步认定为工伤，并处于停工留薪期内，但因特殊原因需要短暂上班，建议与用人单位沟通协商，明确上班期间的工资发放标准。
- 同时，保留好相关的医疗证明和工资发放记录，以备不时之需。
- 如果对工伤认定或停工留薪期工资发放有疑问或争议，可以向当地的社会保险行政部门或劳动争议调解仲裁机构咨询或申请调解、仲裁。
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