结论：学校老师因在医院照顾母亲而被扣工资的情况是否合法，需根据具体情况判断，包括请假类型、单位规章制度以及是否符合法律法规等。
一、请假类型与工资扣除的关系
事假：
- 若老师因照顾母亲而请事假，根据一般劳动法规，单位有权根据内部规章制度扣除相应工资。但扣除的比例和方式需符合法律法规，不能随意扣除。
- 法律依据：虽然具体扣除比例可能因单位而异，但通常应遵循公平、合理的原则，且不得违反最低工资标准等强制性规定。
病假或医疗期假：
- 若老师本人或母亲生病需要照顾，且符合病假或医疗期假的条件，则单位不应扣除工资。病假期间，员工有权享受病假工资或疾病救济费。
- 法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有相应的病假工资待遇。
年假、婚假、产假等法定假期：
- 若老师因照顾母亲而使用年假、婚假、产假等法定假期，单位不得扣除工资。这些假期是员工的合法权益，单位应予以保障。
二、单位规章制度的影响
- 单位内部规章制度对工资扣除有重要影响。若规章制度中明确规定了因照顾家人而请假的工资扣除方式，且该规定不违反法律法规，则单位有权按照规章制度执行。
- 审查要点：员工应仔细审查单位规章制度，确保其合法性和合理性。若规章制度存在违法或不合理之处，员工有权提出异议并寻求法律援助。
三、法律法规的遵循
- 无论单位如何规定，工资扣除都必须遵循法律法规，不得违反最低工资标准、不得克扣或无故拖欠劳动者工资等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，单位应按时足额支付劳动者工资，不得随意扣除。
四、建议与措施
与单位沟通：
- 若老师认为工资扣除不合理，首先应与单位进行沟通，了解扣除的具体原因和依据，并尝试协商解决。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若沟通无果，老师可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，老师可以咨询专业律师，以获取更详细的法律建议和帮助。作为晏小利律师，我擅长处理劳动纠纷等领域的问题，有问题可以直接向我咨询。
总结：学校老师因在医院照顾母亲而被扣工资的情况是否合法，需根据请假类型、单位规章制度以及是否符合法律法规等因素综合判断。若认为工资扣除不合理，老师应与单位沟通、申请劳动仲裁或提起诉讼，并咨询专业律师以获取法律帮助。