结论前置：公司实行双休却扣工资，其合法性需根据劳动合同、公司规章制度以及法律法规来综合判断。在大多数情况下，未经员工同意或未依法规定，公司扣减双休日工资是不合法的。
常规情况下的合法性分析
工时制度与休息权益：
- 根据《中华人民共和国劳动法》，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日，双休属于劳动者的合法休息权益。
- 如果员工按劳动合同约定和公司要求完成了工作任务，公司应支付足额工资，不得因安排双休而扣减工资。这是员工的基本权益，也是公司应尽的义务。
加班与加班费：
- 如员工在双休日工作，则视为加班，公司应按法律规定支付加班费。这是对员工额外劳动的补偿，也是公司应遵守的法律规定。
特殊情况下的合法性分析
与员工协商一致：
- 若公司因特殊原因（如经营困难）需调整工资和休息制度，并与员工进行了充分协商，且员工书面同意双休扣减工资，则此做法合法。但这种情况较为特殊，需要满足严格的条件，即双方协商一致且员工书面同意。
- 依据为《中华人民共和国劳动合同法》中关于用人单位与劳动者可协商一致变更劳动合同内容的规定。但这一规定并不意味着公司可以随意扣减工资，而是需要在特定条件下进行。
规章制度明确规定：
- 公司规章制度中若明确规定了特定条件下双休扣工资的条款，且该规章制度经过合法程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并已向劳动者公示或告知，同时该规定不违反法律法规的强制性规定，则在符合规定的条件下扣工资可能被认定为合法。但这种情况同样较为特殊，需要满足严格的条件。
不合法情况与处理建议
- 如果劳动合同或公司规章制度中未提及双休扣工资，或相关规定与法律法规相冲突，公司不得随意扣减员工工资。这是对员工权益的保护，也是对公司行为的约束。
- 员工如遇此类情况，可向劳动监察部门投诉，或直接向我咨询以维护自身合法权益。作为专业律师，我将根据具体情况提供法律建议和帮助。
总结与建议
综上所述，公司安排双休却扣工资的合法性需综合考虑多个因素。在常规情况下，未经员工同意或未依法规定，公司不得扣减双休日工资。但在特定情形下，如与员工协商一致或规章制度有明确规定，并符合相关法律法规，公司扣减工资可能具有合法性。然而，这种情况较为特殊且需要满足严格的条件。
建议：员工应了解自身权益，仔细阅读劳动合同和公司规章制度，确保自己的权益不受侵害。如遇不合法情况，应及时采取措施维护权益，如向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。同时，公司也应遵守相关法律法规，尊重员工的休息权益和工资权益，避免不必要的法律纠纷。