公司双休扣底薪是否合法，需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 正常双休且未安排工作的情况

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，双休日是劳动者的合法休息日。
   • 如果公司按照正常双休安排员工休息，且未安排员工在双休日工作，那么公司扣减底薪是不合法的。因为底薪是劳动者在正常工作时间内应得的报酬，与是否休息无关。

2. 公司因经营需要安排双休但扣减底薪的情况

   • 若公司因经营困难或其他特殊原因，需要安排员工双休，但未经员工同意或未依法规定就扣减底薪，这种做法通常是不合法的。
   • 底薪是劳动合同中约定的劳动者应得的固定报酬，公司不得随意扣减。如果公司确实需要调整工资或休息制度，应与员工进行充分协商，并达成书面协议。

3. 员工个人原因导致双休但扣减底薪的情况

   • 如果员工因个人原因（如事假）需要双休，且公司规章制度中明确规定了因个人原因请假需扣减相应底薪的条款，同时该规章制度经过合法程序制定并已向员工公示或告知，那么在这种情况下扣减底薪可能是合法的。
   • 但需要注意的是，公司规章制度中的扣减标准应合理，不得过度克扣，且不得违反法律法规的强制性规定。

4. 公司安排双休但实际提供了工作的情况

   • 如果公司在双休日安排了员工工作，那么应视为加班，公司应按照法律规定支付加班费，而不是扣减底薪。
   • 加班费是劳动者在超出正常工作时间外工作应得的额外报酬，与底薪是两个不同的概念。

法律建议：

• 劳动者应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权益和义务。
• 如果公司扣减底薪的行为违反了法律法规或劳动合同约定，劳动者可以先与公司进行协商沟通，要求公司说明扣减原因并提供依据。
• 如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司扣减底薪的行为被认定为违法，公司可能需要承担补发工资、支付赔偿金等法律责任。
• 劳动者在维护自己权益的同时，也应注意保留相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以便在需要时提供证明。

总之，公司双休扣底薪的合法性需根据具体情况来判断。劳动者应了解自己的权益和义务，并在权益受损时积极采取措施保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。