结论：公司采取拿提成的方式支付工资，但在休息时扣底薪的做法是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下，若底薪属于劳动者正常劳动情况下的基本工资，公司随意扣除可能不合法；若底薪与特定工作条件或任务挂钩且扣除有合理依据，则可能合法。以下从不同角度进行分析：

一、底薪的性质与法律规定

1. 底薪作为基本工资：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者的工资通常由基本工资、奖金、津贴等组成。基本工资是劳动者在正常劳动情况下应得的固定报酬，是工资的重要组成部分。
   • 如果底薪被视为劳动者在正常工作时间内应得的基本工资，那么公司随意扣除底薪可能违反了劳动法的规定，因为这相当于降低了劳动者的基本工资标准。

2. 底薪与提成的关系：

   • 提成通常是基于劳动者的工作业绩或销售额等给予的额外奖励。提成与底薪是两个独立的工资组成部分，各自有其计算方式和支付条件。
   • 公司不能因为劳动者休息或未达到提成条件就扣除其底薪，除非双方在劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。

二、公司扣除底薪的合法性分析

1. 有合法依据的情况：

   • 如果劳动合同中明确约定了底薪的支付条件，包括在特定情况下（如劳动者请假、未完成基本任务等）可以扣除底薪，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除底薪可能是合法的。
   • 例如，如果劳动合同中规定，劳动者在请假期间不享受底薪，或者底薪与特定的工作任务或销售目标挂钩，未完成任务则扣除相应比例的底薪，且这些规定是合理且合法的，那么公司扣除底薪就是有依据的。

2. 无合法依据的情况：

   • 如果劳动合同中没有明确约定扣除底薪的条件，或者约定的条件违反了法律法规的强制性规定（如无故扣除底薪、扣除比例过高等），那么公司扣除底薪就是不合法的。
   • 在这种情况下，劳动者有权要求公司补发被扣除的底薪，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

三、劳动者的应对措施

1. 审查劳动合同：

   • 劳动者应仔细审查自己的劳动合同，了解其中关于工资支付、底薪扣除等条款的规定。

2. 与公司协商：

   • 如果劳动者认为公司扣除底薪的做法不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司补发被扣除的底薪或调整相关条款。

3. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据来证明公司扣除底薪的行为不合法或不合理。

建议：作为劳动者，在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和底薪扣除的部分。如果对公司扣除底薪的做法有疑问或不满，应及时与公司沟通并寻求法律援助。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。