公司单休改双休并扣钱，在大多数情况下是不合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、劳动合同约定角度

• 劳动合同的基本性：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。它具有法律约束力，双方必须严格履行。
• 变更劳动合同的条件：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，且变更劳动合同应当采用书面形式。这意味着，如果劳动合同中明确约定了双休制，用人单位未经劳动者同意单方面将双休改为单休并扣钱，即构成对劳动合同的违反。

二、工时制度与休息权益角度

• 标准工时制度：我国实行的是劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度（标准工时制）。单休制度下，如果每天工作时长仍为八小时，则每周工作时间会超过标准工时。
• 休息权益的保障：根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是法律的最低要求。即使实行单休制，也必须确保劳动者的休息时间不被剥夺，且平均每周工作时间不超过四十四小时。公司单休改双休并扣钱，实际上可能侵犯了劳动者的休息权益。

三、加班费支付角度

• 加班费的支付义务：如果公司因为单休改双休而减少了劳动者的工资，且没有合理安排补休或支付加班费，那么这种做法是不合法的。根据法律规定，对于超出标准工时的部分，公司应依法支付加班费。具体支付标准为：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。

四、特殊情况下的合法性分析

• 与员工协商一致：虽然一般情况下公司单休改双休并扣钱是不合法的，但如果公司因特殊原因（如经营困难）需调整工资和休息制度，并与员工进行了充分协商，且员工书面同意双休扣减工资（同时确保平均每周工作时间不超过四十四小时，并依法支付加班费），则此做法可能合法。但这种情况较为特殊，且需要满足多个条件。
• 规章制度明确规定：如果公司规章制度中明确规定了特定条件下双休扣工资的条款，且该规章制度经过合法程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并已向劳动者公示或告知，同时该规定不违反法律法规的强制性规定，则在符合规定的条件下扣工资可能被认定为合法。但同样，这种情况也需要满足多个严格条件。

五、法律建议与后果

• 法律建议：如果公司未经与员工协商一致或未依法规定就单方面将单休改为双休并扣钱，员工有权依法维护自己的权益。建议员工先与公司进行协商解决，如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 可能的法律后果：如果公司被认定存在违法行为，可能需要承担补发工资、支付加班费、赔偿损失等法律责任。同时，还可能面临劳动行政部门的处罚。

总结来看，公司单休改双休并扣钱在大多数情况下是不合法的。员工应了解自身权益，如遇不合法情况应及时采取措施维护权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。