结论前置：员工在劳动仲裁中要求单位补发拖欠的停工留薪期工资，并因工资低于社保缴费基数而要求赔偿，可通过以下方式主张权益。

核心前提：员工在停工留薪期内，单位应按原工资福利待遇支付工资；同时，社保缴费基数应反映员工的实际工资水平，若单位未按实际工资缴纳社保，员工有权要求补缴或赔偿。

具体分析：

1. 补发拖欠的停工留薪期工资：

   • 法律依据：根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
   • 主张方式：员工应收集停工留薪期的相关证据（如医疗证明、停工留薪期确认书等），以及原工资发放记录，证明单位未足额支付停工留薪期工资。在劳动仲裁中，要求单位补发差额部分。

2. 因工资低于社保缴费基数而要求赔偿：

   • 法律依据：根据《社会保险法》及相关规定，用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户。若单位未按实际工资缴纳社保，可能构成违法。
   • 主张方式：
     • 要求补缴社保：员工可向社保部门投诉，要求单位按实际工资补缴社保。但需注意，补缴社保一般不属于劳动仲裁的受理范围，而是由社保行政部门处理。
     • 要求经济赔偿：若因单位未按实际工资缴纳社保，导致员工在享受社保待遇时受到损失（如养老金减少），员工可要求单位赔偿相应损失。这需要在劳动仲裁中提出，并需提供证据证明损失的存在及与单位未足额缴纳社保的因果关系。

行动建议：

• 收集证据：包括劳动合同、工资条、银行流水、医疗证明、停工留薪期确认书等，以证明单位未足额支付停工留薪期工资及未按实际工资缴纳社保。
• 提出仲裁申请：向当地劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，明确仲裁请求（如补发工资、赔偿损失等），并提交相关证据。
• 关注仲裁进程：及时跟进仲裁进程，配合仲裁庭的调查和调解工作。
• 考虑后续诉讼：若对仲裁结果不满，可在法定期限内向人民法院提起诉讼。

温馨提示：劳动仲裁和诉讼过程可能较为复杂，建议员工在过程中保持耐心，并咨询专业律师（即我本人）以获取更具体的法律指导和帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。