结论：若审计认为劳动仲裁判决的停工留薪期工资不合理，单位可能会采取申请撤销仲裁裁决、提起诉讼或与劳动者协商解决等措施。以下是对此问题的详细分析：
一、单位可能采取的法律措施
申请撤销仲裁裁决：
- 法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，单位在收到仲裁裁决书后，如果认为裁决存在法定撤销情形（如裁决所根据的证据是伪造的、对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据等），可以在规定期限内向劳动争议仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。
- 操作建议：单位应仔细审查仲裁裁决，评估是否存在可撤销的情形，并在法定期限内准备相关证据和材料，向法院提出申请。
提起诉讼：
- 法律依据：如果单位未在规定期限内申请撤销仲裁裁决，或者申请被驳回，单位还可以选择向人民法院提起诉讼，要求重新审理停工留薪期工资的问题。
- 操作建议：在提起诉讼前，单位应充分准备证据，包括但不限于劳动合同、工资单、医疗证明等，以证明其主张的合理性。同时，单位应了解诉讼程序和相关法律规定，确保诉讼的顺利进行。
与劳动者协商解决：
- 法律依据：虽然协商解决不是法律程序，但根据《劳动争议调解仲裁法》的精神，鼓励劳动争议双方通过协商、调解等方式解决争议。
- 操作建议：如果单位认为仲裁裁决的停工留薪期工资确实存在不合理之处，且愿意与劳动者进行友好协商，可以尝试通过协商达成一致意见，并签订书面协议以明确双方的权利和义务。
二、单位在采取法律措施时应注意的事项
- 保留证据：单位应妥善保管与停工留薪期工资相关的所有证据，包括但不限于劳动合同、工资单、医疗证明、考勤记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
- 了解法律程序：单位在采取法律措施前，应充分了解相关法律程序和规定，确保自己的行为符合法律要求。如有需要，可以寻求专业律师的帮助。
- 尊重仲裁裁决：在仲裁裁决未被撤销或改判前，单位应尊重并履行仲裁裁决。如果单位拒绝履行仲裁裁决，劳动者可以向人民法院申请强制执行。
三、可能面临的法律后果
- 如果单位申请撤销仲裁裁决或提起诉讼并胜诉：则仲裁裁决将被撤销或改判，单位将按照新的裁决或判决结果支付停工留薪期工资。
- 如果单位申请撤销仲裁裁决或提起诉讼但败诉：则单位需要按照原仲裁裁决的结果支付停工留薪期工资，并可能承担因诉讼产生的额外费用（如律师费、诉讼费等）。
- 如果单位拒绝履行仲裁裁决：则劳动者可以向人民法院申请强制执行，单位可能面临被查封、扣押、冻结财产等强制执行措施。
四、建议
- 对于单位而言：在面对审计认为劳动仲裁判决的停工留薪期工资不合理时，应首先评估仲裁裁决的合理性，并考虑采取上述法律措施之一来维护自己的权益。同时，单位也应加强内部管理，确保劳动合同的签订和履行符合法律要求，减少类似争议的发生。
- 对于劳动者而言：如果单位对仲裁裁决提出异议并采取法律措施，劳动者应积极应对，准备相关证据以维护自己的权益。如有需要，也可以寻求专业律师的帮助。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。