针对您提出的“员工考取特种作业证没考过，是否可以扣除取证费用，以及怎么扣除才合法”的问题，以下是我的详细解答：
一、是否可以扣除取证费用
首先，需要明确的是，员工考取特种作业证的费用是否可以扣除，并非由企业单方面决定，而是需要依据相关法律法规、劳动合同以及企业内部规章制度来综合判断。
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国安全生产法》和《特种作业人员安全技术培训考核管理规定》，特种作业人员必须经专门的安全技术培训并考核合格，取得相应操作证后，方可上岗作业。这是对特种作业人员的基本要求，也是保障安全生产的重要措施。
- 关于考试费用的承担，法律法规并未明确规定必须由企业或员工个人承担。这通常取决于劳动合同中的约定或企业内部规章制度的规定。
劳动合同层面：
- 如果劳动合同中明确约定了特种作业证考试费用的承担方式（如由企业承担或员工个人承担），则应按照合同约定执行。
- 如果劳动合同中未明确约定，则需要参考企业内部规章制度或双方协商解决。
企业内部规章制度层面：
- 企业可以制定内部规章制度，明确特种作业证考试费用的承担方式。但需要注意的是，这些规章制度必须符合法律法规的要求，且不得侵犯员工的合法权益。
二、怎么扣除才合法
如果企业决定扣除员工未考取特种作业证的费用，必须确保扣除行为合法合规，具体应注意以下几点：
明确扣除依据：
- 扣除费用必须有明确的依据，如劳动合同中的约定、企业内部规章制度的规定等。
- 扣除依据必须合法有效，不得违反法律法规的强制性规定。
合理确定扣除金额：
- 扣除金额应合理，不得超过员工实际应承担的费用范围。
- 如果考试费用包含多个部分（如培训费、考试费、考务费等），应明确各部分费用的承担方式，并据此合理确定扣除金额。
遵循法定程序：
- 在扣除费用前，企业应与员工进行充分沟通，说明扣除的原因、依据和金额。
- 如果员工对扣除行为有异议，企业应提供合理的解释和证据，并协商解决争议。
- 在必要时，企业可以寻求法律途径解决争议，但应确保自身行为合法合规。
注意保护员工权益：
- 企业在扣除费用时，应确保不侵犯员工的合法权益，如不得因员工未考取证书而随意降低工资、解除劳动合同等。
- 企业应关注员工的心理和情绪变化，及时给予关心和支持，避免因扣除费用而引发不必要的劳动纠纷。
三、具体建议
完善劳动合同和规章制度：
- 企业应在劳动合同中明确特种作业证考试费用的承担方式，避免后续争议。
- 企业应制定完善的内部规章制度，明确特种作业证考试费用的管理、使用和扣除等事项。
加强沟通和协商：
- 在决定扣除费用前，企业应与员工进行充分沟通，说明情况并听取员工的意见和建议。
- 如果员工对扣除行为有异议，企业应积极协商解决争议，避免矛盾升级。
寻求法律支持：
- 如果企业在扣除费用过程中遇到法律问题或争议，应及时寻求法律支持或咨询专业律师的意见。
综上所述，员工考取特种作业证没考过时，是否可以扣除取证费用以及怎么扣除才合法，需要依据相关法律法规、劳动合同以及企业内部规章制度来综合判断。企业在处理此类问题时，应确保自身行为合法合规，并注重保护员工的合法权益。