结论：员工离职后，若特种作业证系公司出资考取，证书的归属及处理需根据具体情况判断，一般而言，证书本身应归员工所有，但公司可能有权要求员工承担部分费用或进行其他合理处理。

分析说明：

1. 证书的法律性质：

   • 特种作业证是员工通过考试获得的个人资质证明，具有人身属性，通常应归员工个人所有。它证明了员工具备从事特定作业的技能和资格，是员工个人能力的一种体现。

2. 公司出资的性质：

   • 公司出资为员工考取特种作业证，可以视为公司对员工的一种投资或福利。这种出资并不改变证书的法律性质，即证书仍归员工所有。
   • 然而，公司出资可能附带一定的条件或期望，如员工需在公司服务一定年限等。若员工未满足这些条件或期望而离职，公司可能有权要求员工承担部分或全部考试费用。

3. 双方协商与合同约定：

   • 双方应首先通过协商解决证书归属及费用问题。若双方能达成一致意见，则按协商结果处理。
   • 若双方在劳动合同或相关协议中有明确约定，如“员工离职时需归还公司出资考取的证书或承担相应费用”，则应按约定执行。但需注意，此类约定不得违反法律法规的强制性规定，如不得侵犯员工的合法权益。

4. 法律后果与风险提示：

   • 若公司强行扣留证书，可能构成对员工合法权益的侵犯，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等法律程序维护自己的权益。
   • 若员工拒绝承担公司要求的费用或拒绝归还证书（在无合法依据的情况下），公司也可能通过法律途径追究员工的责任。但公司需确保自己的诉求有合法依据，否则可能面临败诉的风险。

建议与行动指南：

• 对员工而言：

  • 在离职前，应与公司就证书归属及费用问题进行明确沟通，并尽量达成书面协议。
  • 若公司提出不合理要求，员工应保留相关证据（如劳动合同、出资证明、沟通记录等），以便在必要时维护自己的权益。

• 对公司而言：

  • 在出资为员工考取证书时，应明确约定证书归属及费用承担问题，以避免未来产生纠纷。
  • 若员工离职时拒绝承担费用或归还证书，公司应首先通过协商解决；协商无果的，可寻求法律途径解决，但需确保自己的诉求有合法依据。

如有更多细节或疑问，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。