结论：厂里花钱让员工考特种作业证，离职时厂里扣钱的行为一般是不合法的，但具体还需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动合同和培训协议的角度

• 若劳动合同或培训协议中有明确约定：如果员工在入职时或参加培训前，与厂里签订了劳动合同或专门的培训协议，且协议中明确约定了员工在离职时需要承担部分或全部培训费用（包括考证费用），那么厂里在员工离职时按照协议约定扣钱，可能是合法的。但这种约定必须是在双方平等自愿、协商一致的基础上达成的，且不得违反法律法规的强制性规定。
• 若劳动合同或培训协议中无明确约定：如果双方没有签订相关协议，或者协议中没有明确约定离职时需要承担培训费用，那么厂里在员工离职时扣钱就缺乏法律依据，属于违法行为。

2. 从培训费用的性质和归属角度

• 培训费用属于厂里的投资：特种作业证的培训费用通常被视为厂里对员工的一种投资，旨在提升员工的工作技能和职业素养，从而更好地为厂里服务。因此，这种费用一般应由厂里承担，而不应转嫁给员工。
• 员工已享受培训带来的收益：如果员工在厂里工作期间已经充分利用了特种作业证带来的收益（如获得了更高的工资、更好的职位等），且离职时距离考证时间较短，那么厂里可能会主张员工承担部分费用。但这种主张需要基于合理的计算和协商，且不能违反法律法规的强制性规定。

3. 从法律法规的角度

• 《劳动合同法》的相关规定：根据《劳动合同法》的规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
• 特种作业证培训费用的特殊性：特种作业证的培训费用通常不属于专项培训费用的范畴，除非该培训是针对特定岗位或特定技能进行的，且费用较高。因此，在大多数情况下，厂里不能因员工离职而扣留其特种作业证的培训费用。

4. 建议与行动

• 与厂里协商：如果员工认为厂里扣钱的行为不合法，可以首先与厂里进行协商，要求厂里提供扣钱的依据和计算方式，并尝试达成和解。
• 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
• 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的需求，员工还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

总结：厂里花钱让员工考特种作业证，离职时扣钱的行为一般是不合法的。但具体还需根据劳动合同、培训协议以及相关法律法规的规定来判断。如果员工遇到此类问题，建议首先与厂里协商，协商无果后再考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼等法律途径来维护自己的权益。