在职期间培训特种操作证，用人单位一般不应扣工资。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定角度

根据《劳动法》等相关法律法规，用人单位有义务对劳动者进行职业培训，以提高劳动者的职业技能和工作能力。培训特种操作证属于职业培训的一部分，其目的是为了更好地完成工作任务，保障工作安全，提升工作效率。因此，用人单位不能以培训为由随意扣除劳动者的工资。

从合同约定角度

1. 若劳动合同有明确约定：如果劳动合同中明确规定了培训期间工资的发放方式，比如全额发放、部分发放或者按照一定标准发放等，那么用人单位应当按照合同约定执行。如果用人单位违反合同约定扣除工资，劳动者可以依据合同要求用人单位补发工资，并承担相应的违约责任。
2. 若劳动合同无明确约定：在没有明确约定的情况下，用人单位不能擅自扣除工资。因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，培训是为了更好地履行工作职责，而不是劳动者个人的额外负担。

从实际操作角度

1. 用人单位合理的做法：一些用人单位为了鼓励员工参加培训，提升自身能力，可能会在培训期间给予员工一定的补贴或者保障工资全额发放。这样不仅可以提高员工参加培训的积极性，也有利于企业的长远发展。
2. 用人单位不合理的做法及后果：如果用人单位在培训期间扣除工资，劳动者可以先与用人单位进行沟通协商，要求用人单位说明扣工资的理由和依据。如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付工资；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位补发工资并承担相应的赔偿责任。

特殊情况说明

如果培训是劳动者个人为了提升自身能力，与工作没有直接关联，且用人单位没有要求或者组织该培训，那么劳动者可能需要自行承担培训费用以及培训期间的工资损失。但这种情况相对较少，一般情况下，在职期间的培训都是与工作相关的。

总之，在职期间培训特种操作证，用人单位通常不应扣工资。如果你遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。