结论：公司因员工离职而扣留特种作业证的费用，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下不合法。以下从不同角度进行分析：
一、特种作业证的性质与归属
特种作业证是员工通过自身努力和考试获得的职业资格证书，它证明了员工具备从事特定作业的技能和资格。从法律角度来看，特种作业证属于员工的个人财产，而非公司的财产。因此，公司无权因员工离职而扣留或要求员工支付该证件的费用。
二、公司扣留费用的合法性分析
合同约定：
- 如果员工在入职时与公司签订了劳动合同，并且合同中明确规定了特种作业证的费用由员工承担，或者在公司服务一定年限后该费用由公司承担，但员工未达到服务年限而离职，那么公司可能根据合同约定要求员工支付部分或全部费用。但这种约定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么公司无权因员工离职而扣留或要求支付特种作业证的费用。
法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得扣押劳动者证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。因此，公司扣留特种作业证的费用，可能违反了劳动合同法的规定。
实际损失：
- 如果公司确实因为员工离职而遭受了与特种作业证相关的实际损失（如重新培训新员工的费用），公司可以尝试与员工协商解决，或者通过法律途径要求员工承担相应的赔偿责任。但这种赔偿必须基于实际损失，且不得超过合理范围。
三、员工应对策略
与公司协商：
- 员工可以首先尝试与公司进行协商，了解公司扣留费用的具体原因和依据，并尝试达成和解。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查，并维护自己的合法权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司返还扣留的费用，并可能要求公司承担因此产生的其他费用（如律师费、诉讼费等）。
四、建议与提醒
- 保留证据：员工在离职前应妥善保管好与特种作业证相关的所有证据（如培训合同、考试合格证书、劳动合同等），以便在需要时证明自己的权益。
- 及时咨询：如果员工对公司扣留费用的行为有疑问或不满，应及时向我咨询，以便了解自己的法律权益和可能的维权途径。
综上所述，公司因员工离职而扣留特种作业证的费用，这一行为在一般情况下是不合法的。员工可以根据自己的实际情况和法律法规的规定，采取相应的措施来维护自己的合法权益。