针对您提出的问题，即“证书注册和社保缴纳在一个单位，但合同与劳务派遣签订是否合法”，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，证书注册、社保缴纳以及劳动合同签订，这三者之间应当保持一致性，以确保劳动关系的合法性和合规性。在正常情况下，一个员工应当与一个用人单位签订劳动合同，该单位负责为其缴纳社保，并且如果该员工持有相关职业资格证书，其证书也应当注册在该单位。

现在，我们来看您描述的情况：证书注册和社保缴纳在一个单位，但合同是与劳务派遣公司签订的。这种情况可能涉及以下几种法律风险和不合规问题：

1. 挂证行为的风险：

   • 如果注册人员只与劳务派遣企业签订劳动合同，而未与证书注册企业签订劳动合同，这违反了注册人员管理规定中关于“受聘于注册企业方可申请注册”的要求。
   • 如果注册人员既与劳务派遣企业签订劳动合同，同时又与注册企业存在事实上的劳动关系（即使未签订书面合同），这也可能被视为违反注册人员管理规定中关于注册人员不得同时在两个或者两个以上单位受聘或者执业的规定。
   • 这两种情况均可能被视为“挂证”行为，即证书注册与实际工作单位不一致，这是不合规的。

2. 社保缴纳的风险：

   • 社保“挂靠代缴”是违规违法的行为。根据相关法律法规，以欺诈、伪造证明材料或者其他手段违规参加、申报社会保险和骗取社会保险基金支出或社会保险待遇的，属于诈骗公私财物的行为，将受到法律的严惩。
   • 劳务派遣企业如果仅为员工代缴社保，而员工并未实际在该企业工作，这也可能构成社保“挂靠代缴”的违规行为。

3. 劳动合同的合规性：

   • 劳动合同是明确劳动者与用人单位之间权利和义务关系的法律文件。如果员工与劳务派遣公司签订劳动合同，但实际工作单位与证书注册单位不一致，这可能导致劳动合同的履行存在障碍，甚至引发劳动争议。

结论与建议：

• 证书注册、社保缴纳以及劳动合同签订应当保持一致性，以确保劳动关系的合法性和合规性。
• 您所描述的情况可能涉及挂证行为和社保“挂靠代缴”的违规行为，这是不合法的，并可能面临法律风险和处罚。
• 为了避免法律风险和确保劳动关系的合规性，建议您与实际工作单位签订劳动合同，并确保证书注册和社保缴纳均在该单位进行。

希望以上分析能够对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询。