针对您的情况，首先明确结论：公司未按照法院调解协议按时支付款项，您有权采取法律措施维护自身权益。
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，经法院调解达成的协议具有法律效力，双方当事人应当按照协议内容履行各自义务。若一方未履行或未完全履行，另一方有权向法院申请强制执行。
二、可能的原因与应对策略
公司资金周转问题：
- 原因：公司可能因资金链紧张、经营困难等原因暂时无法支付。
- 应对策略：首先，您可以尝试与公司沟通，了解具体原因，并要求公司给出明确的支付时间表。若沟通无果，您应立即向法院申请强制执行，要求法院冻结公司账户、查封财产等，以确保您的权益得到保障。
公司故意拖欠：
- 原因：公司可能出于各种原因故意拖欠款项，如对调解协议内容不满、试图通过拖延减少支付等。
- 应对策略：在这种情况下，您无需再与公司协商，应直接向法院申请强制执行。同时，您可以考虑向法院申请对公司及其法定代表人采取限制高消费、列入失信被执行人名单等措施，以增加公司的违约成本。
调解协议存在瑕疵或误解：
- 原因：虽然不太可能，但也不能完全排除调解协议本身存在瑕疵或双方对协议内容存在误解的可能性。
- 应对策略：若您怀疑调解协议存在问题，可以首先向法院申请审查调解协议的效力。若确认协议有效且公司未履行，则仍需通过强制执行程序来维护权益。
三、具体操作步骤
收集证据：
- 保留好法院调解书、支付记录等证据材料，以证明公司未按照协议履行支付义务。
向法院申请强制执行：
- 撰写强制执行申请书，明确申请执行的事项、金额及理由。
- 提交至原调解法院，并附上相关证据材料。
- 法院受理申请后，将依法采取强制执行措施。
关注执行进展：
- 定期向法院了解执行进展情况，确保执行程序顺利进行。
- 若发现公司有转移财产、逃避执行等行为，及时向法院报告。
四、法律后果与风险提示
- 法律后果：若公司未按照法院调解协议履行支付义务，且经法院强制执行后仍不履行，公司及其法定代表人可能面临罚款、拘留等法律后果。同时，公司的信用记录将受到严重影响，可能影响其未来的融资、合作等经营活动。
- 风险提示：在采取法律措施前，请确保您已充分了解相关法律风险，并准备好应对可能出现的各种情况。如有需要，您可以随时向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和支持。
最后，建议您尽快采取行动，向法院申请强制执行，以维护您的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。